VLPL－S在KnightsLanding上的优化与性能-上海超级计算中心.PDF

48 《高性能计算发展与应用》 2018年第一期 总第六十二期 VLPL-S在Knights Landing上的优化与性能评估 1，2 1 2 3 1，4  丁丹迪 文敏华 周姗陈民 林新华 1上海交通大学高性能计算中心 上海 200240 2英特尔亚太研发中心 上海 200240 3上海交通大学物理与天文系 上海 200240 4东京工业大学 日本 摘要： 光等离子模拟领域的常用主流算法之一。在本篇文章中，我们将讲述VLPL-S 代码在Intel®新推 出的Knights Landing平台上的早期移植及优化工作。通过应用在代码优化中常用的优化方法，例 如访存优化、多线程优化、向量化，我们为VLPL-S代码实现了1.68倍的加速比。对于优化以后 性能提升。结果表明，对于VLPL-S代码而言，以往CPU代码优化工作中常用的优化方法在新的 Knights Landing 平台中同样有效。 关键词：激光等离子体模拟，Particle-in-cell，Knights Landing 1.引言 访存延迟，预取优化方法显著提升了程序在Knights 随着高性能计算领域的快速发展，激光等离 Landing(KNL)上的性能。通过应用了多线程优化， 子体模拟程序可以在更大维度以及更高的精度下进 VLPL-S在KNL集群上的性能也得以提升。使用这些 [1] 优化方法后，VLPL-S相比于原版程序获得了1.68倍 行。 “虚拟激光等离子体实验室”程序 (VLPL)是一 份基于C++开发的三维激光等离子体模拟程序，它被 的加速比。 [2][3][4] 这篇文章的组织结构如下：第二部分介绍相关 广泛应用于激光与等离子体相互作用的研究中 。 VLPL-S由上海交通大学陈民特别研究员在VLPL基础 工作。第三部分和第四部分简要介绍PIC算法和Intel 上进一步开发，加入优化了碰撞电离、场致电离以 KNL架构。详细的优化方法将在第五部分讲述，然后 及两体碰撞效应和粒子跟踪，并提供了对众核平台 在第六部分对优化后的性能进行评估。最后，第七 的支持。在代码中，电子的离化是使用虚函数开发 部分给出结论以及后续优化思路。 实现的，体现了面向对象编程语言的特性；移动窗 口方法也应用到了程序中以研究加速能量达GeV的长 2.相关工作 距离激光尾波场加速问题；通过加入以上的模拟方 在最近高性能计算快速发展的三十年内，许多 法，程序可以对Terahertz辐射、中性气体与激光相互 学者提出了各自PIC算法的实现。这些实现从侧面说 [6] 作用中的光脉冲及离化波前演化、激光尾波场加速 明了PIC算法的并行可能性。Bastrakov等学者 最近 [5] 讲述了对其实现的PIC代码在多核平台、KNC(Intel第 及表面电子加速等物理过程进行研究 。 在本篇文章中，V