鸡热应激蛋白HSP70基因的单核苷酸多态研究-动物遗传育种与繁殖专业论文.docxVIP

四川农业大学博士学位论文摘 四川农业大学博士学位论文 摘 要 HSP70基因编码的HSP70蛋白在鸡耐热性形成过程中起着重要的作用。在鸡的 抗逆性育种中，HSP70基因有望成为改善热应激敏感性的候选基因。但目前关于 HSP70基因序列中存在的单核苷酸多态性(SNPs)的研究报道很少。本研究选取我国 20个地方鸡种共591个个体作为实验材料，采用变性高效液相色谱(DHPLC)技术， 在鸡HSP70基因的全序列内进行未知SNPs的筛选，对典型峰型分别选取2个个体 测序，再将同一对引物的所有测序样本的测序结果进行序列的同源性比较，从而识 别和确认鸡HSP70基因的未知SNPs。并通过特异峰型与测序结果的对应关系，判 定了每个个体在各SNPs位点的基因型，由此作者计算了每个SNPs位点在各品种 中的基因型和等位基因的分布频率并对各品种问在SNPs位点的基因型和等位基因 分布频率的差异进行了显著性检验。计算各品种的平均杂合度、各位点的基因多样 度及其相关参数、各品种间的标准遗传距离(D。)和遗传一致性参数，衡量群体内 以及群体间HSP70基因的遗传变异。作者还依据每个个体在各SNPs位点的基因型 采用基于最大似然法原理编写的PHASE程序进行单倍型的确认，并计算每种单倍 型在各品种中的分布频率。 结果分别在A5、A6、A7、A4引物扩增的PCR产物中检出并确认了10个SNPs： A258G，C276G，C507T，C1040A、G1044A，C1431A，T1476C，G1500A、A1529G，C1722T。 所有检出的SNPs均位于编码区，其中1040位C—A的突变导致HSP70基因氨基酸 序列347位发生脯氨酸(Pro．P)到组氨酸(His，H)的替换。1529位^一G的突变 导致氨基酸序列510位发生赖氨酸(Lys，K)到精氨酸(Arg，R)的替换。 根据测序结果结合对应的DHPLC色谱蜂型判定出测序的各样本在各SNP位点的 基因型。其它未测序的个体与此色谱峰型相同的，将其在同一位点的基因型视为与 测序个体的基因型相同。由此建立了每个个体在各SNPs位点的基因型与DHPLC峰 型的对应关系。 各SNPs位点在各品种中的基因型和等位基因的分布频率，A258G、C276G、 C507T、G1044A、T1476C、G1500A、A1529G、c1722T等8个位点其携带突变等位基 因的基因型以及突变等位基因在不同品种中的分布频率具有显著(PO．05)甚至极 显著(PO．叭)的差异，但就其中单个位点而言其分布频率的差异没有表现出与各 品种地理纬度的变化相联系的趋势。总体上，在杏花鸡、丝羽乌骨鸡(江西泰和)、 摘 摘 要 崇仁麻鸡、余干乌黑鸡、清远麻鸡、惠阳胡须鸡、丝羽乌骨鸡(广东温氏)、桃源 鸡以及太自鸡和河南斗鸡在3～4个位点上其突变等位基因的分布频率较高而且差 异显著(P0．05)。在A1529G、C1722T两个位点中，发现了突变等位基因在分布 于广东、江西两个南方省份的余干乌黑鸡、丝羽乌骨鸡(江西泰和)、清远麻鸡、 丝羽乌骨鸡(广东温氏)、惠阳胡须鸡、杏花鸡和崇仁麻鸡中的分布频率具有显著 (P0．05)甚至极显著(PO．01)地高于几个北方鸡种中分布频率的特点。 各品种在HSP70基因lO个SNPs位点中的平均杂合度普遍不高，其中平均杂合 度最大的为惠阳胡须鸡(0．2885)，最小的为略阳鸡(0．1813)。各SNPs位点的基 因多样度(H，)差异很大，C276G位点的基因多样度最高(0．4971)，G1500A、A258G 两个位点的H，值也分别达到0．4900、0．4387，而且以上三个位点的B，值相对于其 它位点差异也很明显。表明这些位点不仅在品种内的变异(Hs)很高，而且在品种 间也存在较大差异。C276G、G1500A、A258G三个SNPs位点适合作为评定鸡不同群 体HSP70基因遗传多样性的标记位点。 HSP70基因的10个SNPs位点在20个品种中只发现了56种单倍型，其中有28 种是至少在一个个体中确定性存在的，在确定性存在28种单倍型中，单倍型H14、 H21、H5、H6、H7、H9、H10、H12、H15、H20、H25、H26、H31、H34在多数 品种中均有分布并且具有较高的分布频率，为主要的单倍型类型。28种确定性存 在的单倍型占整个群体所有单倍型频率的81％，剩下不能确定的单倍型占群体所有 单倍型频率的19％。上述14种主要单倍型占确定性存在的单倍型频率的85％，剩 下14种单倍型占确定性存在的单倍型频率的15％，为稀有的单倍型类型。各单倍型 在不同品种中的分布频率存在较大的差异。在所有单倍型中，仅有H14和H21两 种单倍型在所有品种中都有分布。基于鸡HSPT0基因10个SNPs位点组成的单倍