生物信息学9序列分析解析解析文档资料.pptVIP

拟南芥phyA部份RNA DNAstar DNAquest parameters Title——给文件取名。 Ruler——在文件中加入标尺。 Sequence——显示文件中的序列。 Patterns Matrix——方法的运算参数。 Signal——转录因子结合位点数据库。 Type-In Patterns—使用键盘输入运算所需的Pattern参数。 Repeats Inverted Repeats——寻找反向重复序列。 Dyad Repeats——寻找Dyad重复和palindromes。 Direct Repeats——寻找正向重复序列。 Gene Finding - DNA Finder————在打开的DNA序列中寻找指定DNA序列。分别显示正义连和反义连的寻找结果。 Gene Finding DNA Finder—在打开的DNA序列中寻找指定DNA序列。分别显示正义连和反义连的寻找结果。 Protein Finder——在打开的蛋白质序列中寻找指定DNA序列的翻译序列。显示结果为全部6个读框。 Enzymes-Restriction Map——用DNASTAR酶目录中的酶分析打开的序列，并以图形方式展示。 Coding Prediction Borodovsky——用Borodovsky’s Markov方法来识别潜在的基因编 码区，并以图形方式展示。 Starts Stops ORFs——根据指定的ORFs的最小长度，寻找可能的开放读框，可以选择是否需要起始密码子。读框的启始和中止点分别展示。 Local Compositional Complexity——根据Shannon信息学原理寻找有基因编码提示信息的区域。 Base Contents-Base Distribution——序列上4种碱基、A+T和G+C的 频率、分布，以及AT和gc分布区域。 Bent DNA - Bending Index——DNA折叠预测。 七、PCR(Polymerase chain reaction)及引物设计 利用与DNA模板序列的两端互补的一对寡聚核苷酸引物来扩增一段DNA序列。由一种热稳定的DNA聚合酶经三步反应即变性、引物退火和聚合的循环从两个引物来相对延伸。 实验三 核酸序列分析（一） 一、实验内容 1、 使用DNAstar进行核酸基本信息分析2、ORF分析 二、作业1、记录拟南芥phyA NM_100828序列的序列组成 2、记录拟南芥phyA NM_100828序列最长的ORF的起止区间。 实验四 核酸序列分析（二） 一、??? 实验内容1、PCR引物设计2、核酸序列的电子基因定位 二、??? 作业1、记录拟南芥phyA NM_100828序列最长的ORF的起止区间。 2、记录得分最高的一对引物的碱基组成。 3、通过核酸序列的电子基因定位，phyA基因位于拟南芥的那条染色体上？ 实验五 未知蛋白质序列的功能预测 一、??? 实验内容已知一段蛋白质序列，请对其功能进行预测：MEILCEDNTSLSSIPNSLMQVDGDSGLYRNDFNSRDANSSDASNWTIDGENRTNLSFEGYLPPTCLSILHLQEKNWSALLTAVVIILTIAGNILVIMAVSLEKKLQNATNYFLMSLAIADMLLGFLVMPVSMLTILYGYRWPLPSKLCAVWIYLDVLFSTASIMHLCAISLDRYVAIQNPIHHSRFNSRTKAFLKIIAVWTISVGVSMPIPVFGLQDDSKVFKQGSCLLADDNFVLIGSFVAFFIPLTIMVITYFLTIKSLQKEATLCVSDLSTRAKLASFSFLPQSSLSSEKLFQRSIHREPGSYTGRRTMQSISNEQKACKVLGIVFFLFVVMWCPFFITNIMAVICKESCNEHVIGALLNVFVWIGYLSSAVNPLVYTLFNKTYRSAFSRYIQCQYKENRKPLQLILVNTIPALAYKSSQLQAGQNKDSKEDAEPTDNDCSMVTLGKQQSEETCTDNINTVNEKVSCV 1、 检查其基本属性及跨膜螺旋 2、 利用BLASTp程序检索高同源序列。并比较结果。 二、 作业 1、??? 该蛋白有无跨膜螺旋？ 2、??? 根据你的检索结果该蛋白的可能功能是什么 利