计算机药物辅助设计cadd课件9-10.pptVIP

二、蛋白质三维结构预测 基因 蛋白质 一级结构 蛋白质 三维结构 决定 折叠 预测 主要方法 蛋白三维结构预测 从头预测法 ab initio 线引法 threading 同源模建法 homology modeling 基于知识的预测方法 knowledge-based prediction 基于理论的预测方法 theory-based prediction 1、从头预测法（ab initio prediction） 采用理论计算（分子力学、分子动力学、量子 化学）方法，直接从分子和原子参数计算出蛋 白质分子的稳定构象， 理论上最理想的方法，但计算量极大，对于实 际分子的计算超过能力范围 2、穿针引线法，线串法，线程法，折叠识别 （threading，fold recognition） 根据已知的蛋白质三维结构来预测可能的三维 结构 —— 基于知识的预测 可应用于进化非常疏远的结构预测 未知蛋白序列与折叠库中已知结构的蛋白序列 作匹配计算，将序列吻合的三维结构模块串连 起来，得到整个蛋白三维结构 3、同源蛋白模建法 homologous model building 比较分子模拟法 comparative molecular modeling 同源模建 homo