Ch3-基因组结构与功能.ppt

Chapter 3 基因组的结构与功能 Structure and Function of Genome Genomes The term genome refers to the complete complement of DNA for a given species every cell (except sex cells and mature red blood cells) contains the complete genome of an organism For more information see: What is Genome?（/About/primer/genetics_genome.html ） 基因组的结构与功能——引言 Human Genome 基因组的结构与功能——病毒基因组的结构和功能 病毒基因组的结构特点 　　 1.病毒基因组大小：几kb到几十kb 2.病毒基因组组成：DNA或RNA 3.多数RNA病毒的连续性 基因组的结构与功能——病毒基因组的结构和功能 病毒基因组的结构特点 　　 4.基因重叠（Overlapping gene）： 一个基因完全在另一个基因里面。 部分重叠。如基因Ｋ和基因Ａ及Ｃ的一部分基因重叠。 两个基因只有一个碱基重叠。 5.病毒基因组的大部分是用来编码蛋白质的 基因组的结构与功能——病毒基因组的结构和功能 病毒基因组的结构特点 　　 6.病毒基因组的转录单元。 7.除了反转录病毒以外，病毒基因组都是单倍体（haploid ），反转录病毒基因组有两个拷贝。 8.噬菌体的基因是连续的；而真核细胞病毒的基因是不连续的，具有内含子（intron） 乳头瘤病毒（papillomavirus，BPV ）DNA病毒，属于乳多空泡病毒（papovavirus）科。BPVDNA全长7945bp，为闭环超螺旋结构 所有的开放读框（ORF）都存在于一条DNA链上，基因之间有相互重叠。整个BPV基因组分为编码区和非编码区（NCR） 编码区又按其编码蛋白质的功能不同，分为早期转录功能区（E区）和晚期转录功能区（L区） 早期转录功能区（或称早期基因区，E区）BPV的E区含有八个开放读框（ORF），分别为E6、E7、E8、E1、E2、E3、E4、E5， 晚期转录功能区（晚期基因区、L区）：L区ORFs有两个，即L1和L2ORF，编码乳头瘤病毒的外壳蛋白，其中L1蛋白是主要外壳蛋白，L2蛋白是次要外壳蛋白 非编码区（NCR）非编码区又称上游调控区（URR）或长控制区（LCR），位于晚期基因L1终止密码子与早期基因E6第一个起始密码子之间，长度在不同的乳头瘤病毒中不一样，在BPV中长约1.0kb RNA噬菌体的基因组结构和功能 乙肝病毒基因组的结构特点和功能 环状的部分双螺旋结构,长约3.2kb,两条链不等长,长链为负链，短链为正链. HBV基因组中已确定的开放读框有4个,分别编码病毒的核壳（C）和包膜（S）蛋白，病毒复制酶（聚合酶)及一种似乎与病毒基因表达有关的蛋白质X S基因完全重叠于聚合酶基因中，X基因与聚合酶基因、C基因重叠，C基因与聚合酶也有重叠 调节序列位于基因内部 DNA复制过程也非常特别 基因组的结构与功能——细菌基因组的结构和功能 细菌的染色体基因组通常仅由一条环状双链DNA分子组成，称为类核（nucleoid） 具有操纵子结构(operon) 结构基因在细菌染色体基因组中都是单拷贝,编码rRNA的基因rrn往往是多拷贝 非编码区少 基因组的结构与功能——细菌基因组的结构和功能 基因组的结构与功能——细菌基因组的结构和功能 基因组的结构与功能——细菌基因组的结构和功能 some numbers in E.coli genome: There are 4085 predicted genes in Escherichia coli strain K-12 isolate W3110.  There are 4289 predicted genes in Escherichia coli strain K-12 isolate MG1665.  There are 5283 predicted genes in Escherichia coli strain O157:H7 isolate EDL933 (enterohemorrhagic pathogen).  There are about 5361 predicted genes in Escherichia coli strain O157:H7 substrain RIMD 0509952 (enterohemorrhagic pathogen). so