DNA序列测定技术(精).pdfVIP

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DNA序列测定技术 目前应用的两种快速序列测定技术是 Sanger 等( 1977)提出的酶法及 Maxam和 Gilbert(1977) 提出的化学降解法。虽然其原理大相径庭,但这两种方 法都是同样生成互相独立的若干组带放射性标记的寡核苷酸,每组寡核苷酸都 有固定的起点,但却随机终止于特定的一种或者 DNA序列测定技术 序列测定的技术和策略 Sanger 双脱氧链 终止法 Maxam-Gilbert DNA 化学降解法 测序策略 目前应用的两种快速 序列测定技术是 Sanger 等( 1977)提出的酶法及 Maxam和 Gilbert(1977) 提出 的化学降解法。虽然其原理大相径庭,但这两种方法都是同样生成互相独立的 若干组带放射性标记的寡核苷酸,每组寡核苷酸都有固定的起点,但却随机终 止于特定的一种或者多种残基上。由于 DNA上的每一个碱基出现在可变终止端 的机会均等,因些上述每一组产物都是一些寡核苷酸混合物,这些寡核苷酸的 长度由某一种特定碱基在原 DNA全片段上的位置所决定。然后在可以区分长度 仅差一个核苷酸的不同 DNA分子的条件下,对各组寡核苷酸进行电泳分析,只 要把几组寡核苷酸加样于测序凝胶中若干个相邻的泳道这上,即可从凝胶的放 射自影片上直接读出 DNA上的核苷酸顺序。 一 Sanger 双脱氧链终止法 Sanger 法 DNA测序的试剂 引物 模板 DNA聚合酶 放射性标记的 dNTP dNTP类似物 现行的逻终止法人加减法序列测定技术( Sacger 和 Coulson ,1975)发展而来 的。加减法首次引入了使用特异引物在 DNA聚合酶作用下进行延伸反应、碱基 特异性的链终止,以及采用聚丙烯酰胺凝胶区分长度差一个核苷酸的单链 DAN 等 3 种方法。尽管有了这些进展,但加减法仍然太不精确,也太不得法,因此 难以广为接受。直至引入双氧核苷三磷酸( ddTBP)作为链终止剂( Sanger 等, 1977 ),酶法 DNA序列测定技术才得到广泛应用。 2 ,3ddNTP 与普通 dNTP不同之处在同它们在脱氧核糖的 3 位置缺少一个羟基。它们可以在 DNA 聚合酶作用下通过其 5 三磷酸基团掺入到正在增长的 DNA链中,但由于没有 3 羟基,它们不能同后续的 dNTP形成磷酸二酯链,因此,正在增长的 DNA链不 可能继续延伸。这样,在 DNA合成反应混合物的 4 种普通 dNTP中加入少量的一 种 ddNTP后, 链延伸将与偶然发生但却十分特异的链终止展开竞争,反应产物 是一系列的核苷酸链,其长度取决于从用以起始 DNA合成的引物末端到出现过 早链终止的位置之间的距离。在 4 组独立的酶反应中分别采用 4 种不同的 ddNTP,结果将产生 4 组寡核苷酸,它们将分别终止于模板链的每一个 A、每一 个 G或每一个 T 的位置上。 Sanger 法 DNA测序的试剂 1.引物 酶促测序反应中利用一个与 模板链特定序列互补的合成寡核苷酸作为 DNA合成的引物。在许多情况下,可 将靶 DNA片段克隆于 M13噬菌体或噬菌粒载体,以取得单链

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