生物信息学 2生物信息学绪内容资料.pptVIP

HGP的最初目标通过国际合作，用15年时间(1990～2005)至少投入30亿美元，构建详细的人类基因组遗传图和物理图 ，确定人类DNA的全部核苷酸序列，定位约10万基因，并对其它生物进行类似研究。 4张图： HGP的终极目标 阐明人类基因组全部DNA序列； 识别基因； 建立储存这些信息的数据库； 开发数据分析工具； 研究HGP实施所带来的伦理、法律和社会问题。 ;遗传连锁图：通过计算连锁的遗传标志之间的重组频率，确定它们的相对距离，一般用厘摩（cM，即每次减数分裂的重组 频率为1%） 表示。;物理图谱;1998 年完成了具有52,000个序列标签位点(STS)，并覆盖人类基因组大部分区域的连续克隆系的物理图谱。;通过定位克隆技术寻找疾病基因的过程 ;序列图谱;大规模基因组测序;大规模测序基本策略;运用计算机软件进行序列拼接;第二节 生物信息学及其发展历史 ;1、生物信息学的概念;……新的生物学研究模式的出发点应该是理论的。科学家将从理论推测出发，然后再返回到实验中去，追踪或验证这些理论假设。……生物学家不仅必须成为计算机学者，而且也要改变他们研究生命现象的途径。 ——W. Gilbert, Towards A Paradigm Shift in Biology, Nature, 349(1991)99;传统生物学：实验科学 现代生物学的发展： 1、高通量数据获取日益实现自动化、半工业化 从数据库中实现数据挖掘、知识发现 2、海量数据 难以完全依赖实验手段对新数据进行分析，必须借助计算机实现分析和筛选 3、更复杂层次的生物学问题 复杂的基因调控网络、代谢网络；细胞间信号转导过程；生物个体全部基因表达变化……; 实验永远起着决定作用 计算/理论生物学的发展离不开实验生物学的贡献 实验生物学日益依赖计算/理论生物学的指导;生物信息学（Bioinformatics） 这一名词的来由 ;生物信息学;三种科学文化的融合; 生物信息学（bioinformatics)是80年代未随着人类基因组计划（Human genomeproject)的启动而兴起的一门新的交叉学科。它涉及生物学、数学、计算机科学和工程学，依赖于计算机科学、工程学和应用数学的基础，依赖于生物实验和衍生数据的大量储存。 ;概念（广义）;广义的说，生物信息不仅包括基因组信息，如基因的DNA序列、染色体定位，也包括基因产（蛋白质或RNA）的结构和功能及各生物种间的进化关系等其他信息资源。生物信息学既涉基因组信息的获取、处理、贮存、传递、分析和解释，又涉及蛋白质组信息学如蛋白质的序列、结构、功能及定位分类、蛋白质连锁图、蛋白质数据库的建立、相关分析软件的开发和应用等方面，还涉及基因与蛋白质的关系如蛋白质编码基因的识别及算法研究、蛋白质结构、功能预测等，另外，新药研制、生物进化也是生物信息学研究的热点。 ;概念（狭义）; 由于当前生物信息学发展的主要推动力来自分子生物学，生物信息学的研究主要集中于核苷酸和氨基酸序列的存储、分类、检索和分析等方面，所以目前生物信息学可以狭义地定义为：将计算机科学和数学应用于生物大分子信息的获取、加工、存储、分类、检索与分析，以达到理解这些生物大分子信息的生物学意义的交叉学科。 ; 1995年，在美国人类基因组计划（HGP）第一个五年总结报告中给出了一个较为完整的生物信息学的定义：生信息学是包含生物信息的获取、处理、贮存、分发、分析和解释的所有方面的一门学科，它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具进行研究，目的在于了解大量的生物学意义。 ;Bioinformatics;2、生物分子信息;细胞; 生物信息学主要研究两种信息载体 DNA分子 蛋白质分子 ;Protein Machines ;From the Cell to Protein Machines ;生物分子至少携带着三种信息 遗传信息 与功能相关的结构信息 进化信息;(1)遗传信息的载体——DNA;DNA通过自我复制，在生物体的繁衍过 程中传递遗传信息 ;基因的DNA序列;(2)蛋白质的结构决定其功能;(3) DNA分子和蛋白质分子都含有进化信息;生 物 分 子 信 息;?;第一部遗传密码已被破译，但对密码的转录过程还不清楚，对大多数DNA非编码区域的功能还知之甚少 对于第二部密码，目前则只能用统计学的方法进行分析 无论是第一部遗传密码，还是第二部遗传密码，都隐藏在大量的生物分子数据之中。;生物分子信息的特征;3、生物信息学的发展历史; 20世纪50年代，生物信息学开始孕育 20世纪60年代，生物分子信息在概念上将计算 生物学和计算机科学联系起来 20