马铃薯块茎休眠期相关QTLs定位-蔬菜学专业毕业论文.docxVIP

兰生奎些奎堂!!堑星堡主塑茎竺兰篁丝茎：；．3 兰生奎些奎堂!!堑星堡主塑茎竺兰篁丝茎 ：；．3 BSR-seq ．．24 3．3．1测序结果 ．24 3．3．2 SNP分析结果 ．25 3．4标记开发与休眠期QTLs再定位 26 3．4．1标记开发 26 3．4．2休眠相关QTLs的再定位 ．28 第四章讨论与展望 ．32 4．1休眠期QTLs的定位 ．32 4．2高通量测序技术在QTL定位中的发展 。33 参考文献 ．．35 附录 42 实验方法及步骤 。42 1．1 Trizol法提取RNA 42 1．2 CTAB法提取DNA 42 1．3 8％非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 43 致谢 ． ．．45 万方数据 与铃薯块茎休眠期相关OtTt．s定位摘要 与铃薯块茎休眠期相关OtTt．s定位 摘要 数量性状是由统称为QTL的微效多基因控制的，诸如生殖行为、经济产量、 抗性等重要农艺性状基本上都是数量性状，通过分子标记进行的传统遗传定位费 时费力，因此，探索寻找新方法势在必行。马铃薯(SolanumtuberosumL．)是世 界第四大粮食作物，我国将推动实施马铃薯主粮化战略，这将促进马铃薯产业在 国计民生中占据越来越重要的地位。休眠期是影响薯块栽培种植和加工利用的重 要性状之一，目前对于块茎休眠机制的研究较为缺乏，因此，对休眠期的遗传机 制进行深入的研究并找到休眠相关QTLs对于马铃薯的生产加工具有重要的实际 意义。 本研究以二倍体马铃薯杂交后代群体为材料，对马铃薯休眠相关QTLs定位 进行了分析，主要研究结果如下： 1．休眠期相关QTLs的初定位 本研究共进行了7次马铃薯块茎休眠期的统计，利用这7组数据，结合分子 标记多态性分析进行了QTLs初定位，7组数据将休眠期QTLs定位在了父本图 谱的3号、5号和6号染色体上的8个位点和母本图谱上的2号、5号、6号和 10号染色体上的10个位点，位点的表型贡献率在7．3％．23．2％之间，父母本图谱 上贡献率最大的位点均位于5号染色体，DorB5．2被3组数据定位到，DorE5．3 和DorE6．2分别被2组数据定位到。 2．BSR-seq(结合BSA的RNA-seq) 通过对5组休眠数据的综合分析，从EB群体中挑选了24个长休眠期单株 和24个短休眠期单株分别构建混合池，并进行了转录组测序。以马铃薯DM基 因组为参照，检测4个休眠池的SNP位点，并计算各SNP位点的SNP．index和 亲本间、长短休眠池之间的A(SNI一index)，通过A(SNP．index)频数分布图可以看 出，1、2、3、5、6、7号染色体上可能存在与休眠相关的QTLs位点。 3．标记开发和休眠相关QTLs的再定位 综合初定位结果和BSA．seq的分析结果，设计了位于1、2、3、5、6和7号 染色体上的9对SNP标记和14对Indel标记(根据Indel设计，并非真正意义上 的Indel标记)，对EB群体进行了多态性分析。多态性检验结果共得到26个多 态性条带，用Joinmap4．0软件对这几条染色体构建新的连锁图，与原图谱相比， 万方数据 兰!奎些奎兰!!!!星堡主堕壅竺堂篁丝塞父本图谱连锁图的长度基本没有变化；母本图谱2号染色体上3个标记加在了染 兰!奎些奎兰!!!!星堡主堕壅竺堂篁丝塞 父本图谱连锁图的长度基本没有变化；母本图谱2号染色体上3个标记加在了染 色体的上端，将连锁图增加到了87．7 cM，3号染色体增加了约25 cM的长度， 其它染色体长度基本无变化。利用MapQTL软件对标记和休眠期表型数据进行 了Kruskal．W酊Iis分析，结果显示：26个多态性位点中，12个在a=0．05水平上 显著，达到相关显著性的位点多位于初定位较稳定集中的区间，说明新设计的引 物和休眠期具有一定的相关性。 利用新图谱进行了休眠期QTLs的再定位分析，共定位到父本图谱3、5和 6号染色体上的8个位点，母本图谱2、3、5、6、9、10和11号染色体上的14 个位点。 位点的表型变异贡献率在7．9％．23．8％之间，贡献率最大的位点位于5 号染色体上，其中，DorE3．2、DorE5．2和DorE6．2分别被2组数据定位到。 与初定位结果相比，父本图谱上5个位点的2．LOD范围缩小，母本图谱上 增加了5个位点，仅DorE6．2区间缩小，父母本图谱上的位点表型变异贡献率基 本呈现稍增趋势。标记lndel3．6和SNP5．2被定位到，说明这些标记与休眠性状 相关，新标记的加入对使某些位点的定位区间缩小，且增加了位点被定位到的环 境数，可信度提高。 关键词：马铃薯，块茎休眠期，QTL，BSR-seq，SNP 万方数据 与铃薯块至休眠别相夫QTks足位ABSTRACT 与铃薯块至休眠别相夫QTks足位 ABSTRACT