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基因表达调控与选择性剪接机制研究 电 子 学 报 第 12A 期 Vol . 29 No . 12A ACTA EL ECTRONICA SINICA 2001 年 12 月Dec . 2001 基因表达调控与选择性剪接机制研究 闻 芳 ,李衍达 ( )清华大学生物信息研究所智能技术与系统国家重点实验室 ,北京 100084 ( ) 摘 要 : 随着人类基因组计划 HGP的完成 ,生物信息学的研究进入了后基因组时代 ,用计算方法对基因表达 调控和基因功能进行研究成为生物信息学研究的核心内容 . 由于在真核基因表达调控中的特殊地位 ,选择性剪接成为 研究真核基因表达调控的重要内容之一 . 本文从收集选择性剪接基因的数据出发 ,尽可能的收集已知的选择性剪接的 基因和它们的各种转录产物 ,并进行了适当的筛选以保证数据的质量和统计分析的可靠性 . 对挑选出的 371 个人类基 ( ) 因 ,提取各种 转 录 产 物 的 编 码 区 coding regions , 或 简 称 cds, 应 用 一 种 新 的 针 对 选 择 性 剪 接 的 多 序 列 比 对 程 序 ASAL IGN 进行多序列比对来揭示不同 cds 间的剪接关系 ,提出其中的可变区域与不可变区域 ,并对可变区域与不可变 区域的长度分布 ,可变区域在 cds 中出现的位置 ,由于选择性剪接引起的同一段序列读码框相位的变化以及可变区域 与不可变区域及二者边界上的密码子使用频率进行了统计分析 ,得到了一些很有意思的结果 . 这些统计结果对于选择 性剪接机制的进一步研究以及选择性剪接基因的预测提供了良好的线索. 选择性剪接 ; 多序列比对 ; 基因结构 ; 剪接模式 关键词 : () Q11 中图分类号 : 文献标识码 : A 文章编号 : 037222112 200112 A Bioinfo rmatic Analysi s of Alt ernatively Splic e d Ge ne s of Huma n WEN Fang ,L I Yan2da ( )Institute of Bioinf ormatics , Tsinghua University State key laboratory of intelligent technology and system , Beijing 100084 , China Ab stract : With the completion of Human Genome draft , bioinformatic research has entered the post2genomic era . Studying of the control of gene expression and function using computational methods has gradually become the mainstream of research. For its spe2 cial role in the control of eukaryotic gene expression ,alternative splicing has become an important topic in genomic research. In this () study ,we analyzed alternative splicing of human genes based on complete coding sequences cdsof alternatively spliced genes. As re2 ported previously we have set up a database AsMamDB. Transcripts probably belonging to one gene were put into a single cluster. We also developed a new multi2alignment tool ,ASAL IGN ,aiming to reveal alternative splicing patterns of transcripts belonging to a same gene and identify their alternative and non - alternative regions. Here ,through filtering we chose 371 genes that have two or more dif2 ferent cds. Using Asalign we have id