深海太平洋火色杆菌琼胶降解基因分析和琼胶酶.pdfVIP

微生物学报 A cta Microbiologica Sinica 2018, 58(3): 411-422 /actamicrocn DOI: 10.13343/ki.wsxb Research Article 研究报告 深海太平洋火色杆菌琼胶降解基因分析和琼胶酶 Aga0950 的 表达及酶学性质 1,2 2 2 1 2* 1* 产竹华 ，侯艳平 ，狄文婕 ，赵春贵 ，曾润颖 ，杨素萍 1 华侨大学化工学院，生物工程与技术系，福建 厦门 361021 2 国家海洋局第三海洋研究所，海洋生物遗传资源重点实验室，福建 厦门 361005 摘要：【目的】对深海太平洋火色杆菌(Flammeovirga pacifica WPAGA1)全基因组进行生物信息学分析， 筛选获得琼胶酶基因 aga0950 ，采用基因工程手段对该基因的功能和性质进行验证和分析。【方法】采 用 Illumina HiSeq2500 测序技术进行基因组测序分析；采用克隆表达和镍柱纯化方法获得纯 aga0950 基 因表达产物；采用薄层层析(TLC)和离子色谱(IC)法分析酶降解琼胶产物；采用二硝基水杨酸法(DNS) 测定琼胶酶活性。【结果】基因组序列分析表明，菌株WPAGA1 全基因组拥有 13 个 β-琼胶酶相关基因； 氨基酸序列比对显示，同源性为 60%–85% ，其中 aga0950 是具有 GH16 家族典型特征的基因，同源性 为 67%。纯化的重组酶 Aga0950 比活力达 51770 U/mg ，具有高效降解琼胶活性，降解终产物为新琼四 糖和新琼六糖；最适温度为 50 °C ，最适 pH 为 4.0–10.0 ；Co2+ 、Mn2+和 Fe3+促进酶活，Cu2+抑制酶活。 【结论】深海菌株WPAGA1 具有丰富的琼胶酶基因；属于 GH16 家族的琼胶酶基因 aga0950 表达产物 具有高效降解胶琼活性和良好的热、酸、碱稳定性。 关键词：琼胶酶，琼胶寡糖，基因组，太平洋火色杆菌 琼胶酶是一类能够催化琼胶糖苷键断裂并产 将其分为 5 个糖苷水解酶家族。β-琼胶酶分为 4 个 生不同低聚合度寡糖的水解酶类，是一类重要的 家族，分别为 GH16、GH50、GH86 及 GH118 家 海藻多糖降解酶。根据糖苷键裂解方式的不同， 族(/)[1] ，其中 GH16 和 GH86 家 琼胶酶可分为 α-琼胶酶(E.C.58)和 β-琼胶酶 族的催化结构域在 C 端有一个碳水化合物 6 家族结 (E.C.1)。依据琼胶酶氨基酸序列的保守性，可 合结构域(CBM6) ，GH50 和 GH118 的催化结构域 基金项目：国家海洋公益性专项(201505026) ；福建省科技计划重点项目(2017N0015) ；国家海洋局第三海洋研究所基本科研业 务项目(第三科 2016038) *通信作者。杨素萍，Tel/Fax ：+86-592-6166178 ，E-mail ：yangsuping@ ；曾润颖，Tel/Fax ：+86-592-2195323 ， E-mail ：zeng@ 收稿日期：2017-04-19 ；修回日期：2017-06-29 ；网络出版日期：2017-08-04 412 Zhuhua Chan et al. | Acta Microbiologica Sinica , 2018, 58(3) 位于酶的 C 端；α-琼胶酶属于 GH96 家族。琼胶酶 该菌株可直接降解龙须菜(一种海洋红藻，常用作 酶解产物统称为琼胶寡糖，按结构区分，β-琼胶酶 提取琼胶的原料)产生琼胶寡糖，建立了全新的“一 酶解产物为新琼寡糖，α-琼胶酶酶解产物为琼寡糖。 步法”制备琼胶寡糖工艺[16] 。本文对该菌株进行了 相对于琼胶多糖，琼胶寡糖具有良好的水溶