评价遗传多样性的统计方法.ppt

评价动物遗传多样性意义、方法及统计方法 ;;一、评价动物遗传多样性的意义;第一、动物的遗传多样性大小是长期进化的产物，是其生存适应和发展进化的前提。 遗传多样性越高或遗传变异越丰富，动物对环境变化的适应能力就越强 遗传变异的大小与其进化速率成正比 对遗传多样性的研究有助于探讨动物物种稀有或濒危原因及过程;第二、遗传多样性是保护动物研究的核心之一 不了解种内遗传变异的大小、时空分布及其与环境条件的关系，我们就无法采取科学有效的措施来保护人类赖以生存的动物遗传资源基因，来挽救濒于绝灭的动物，保护受到威胁的动物。;第三、对遗传多样性的认识是动物各分支学科重要的背景资料。 对遗传多样性的研究无疑有助于人们更清楚地认识动物多样性的起源和进化，尤其能加深人们对微观进化的认识，为动物的分类进化研究提供有益的资料，进而为动物育种和遗传改良奠定基础。; 世界上动物遗传资源保存存在着两种倾向：⑴在多数发达国家里，随着畜牧生产体系的集约化，大量饲养的只是少数经济价值高的品种和杂交种，品种数目迅速减少；⑵在一些发展中国家，虽然有较丰富的遗传资源，但由于保种不当和盲目引进外来品种杂交，使原有的地方品种数量大大减少，这两种倾向都导致世界性的动物遗传资源危机。;联合国发表的若干动物建少情况;;二、动物遗传多样性的研究方法;、遗传多样性检测方法;（）特异扩增序列 目前鉴定物种和做分子分类研究的最主流的方法.;特异扩增序列的原理： 序列是中度重复序列，广泛分布于基因组并且是同步进化的，而且不同物种间进化差异很大，它的碱基序列同源性的程度决定生物之间的亲源关系远近，并可以以此来作为分类依据划分物种. 序列在核糖体大小亚基的之间，核糖体大小亚基的序列非常保守，便于设计过程所需的两端特异性引物，进行典型的锚定.;（）差异显示 可以用来研究同一个体不同生长时段和不同组织（或分化结构）或者不同个体之间基因表达差异.;差异显示原理是 根据中心法则，每一个阅读框要表达必须先转录成.那么在不同细胞内只要存在基因差异表达现象，肯定就会存在不同的.我们可以提取细胞的，然后将其反转录为，并以此来作为模板,通过就可以显示并放大出的差异，从而找到差异表达的基因.;（）（扩增片段长度多样性） 基于（限制性酶切片段多样性） 和技术发展起来的一种用来研究分类的技术.;原理 不同物种的序列不同，那么用同种限制性内切酶酶切会得到不同的片段，这些不同的片段中，有很多长度也会有不同.通过同样两种限制性内切酶消化后，根据酶切位点序列设计互补序列并额外添加一段特异性序列，用连接酶补平，经过两次扩增（预扩增和二次扩增），产物用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，银染色后用专门的分析软件分析，根据条带分布差异的程度来划分物种间的亲缘关系.;三、评价遗传多样性的统计方法;、群体内基因多样性 等位基因频率 群体杂合度 多态信息含量 有效等位基因数 、群体间基因多样性 基因分化系数 基因流 、群体间遗传一致性 遗传相似系数和遗传距离的另一种估算方法;()等位基因频率和基因型频率的计算 基因型频率是指一个群体中某一性状的各种基因型之间的比率。 基因型频率基因型个体数测定群体总数 等位基因频率是指一个群体中某一基因对其等位基因的相对比率。它是决定一个群体遗传组成的基本标志。 ：第个等位基因的频率；：纯合复等位基因；、……：与共显的第到第个等位基因。;等位基因频率及其方差估计 ()[()] 注：为基因频率，为样本规模;基因频率估计值的精确度;基因频率估计值的可靠性β(相对偏差叫以 为限);、群体内基因多样性;湖羊各座位基因频率值估计及其精确度和可靠性;()群体杂合度（，） 一个群体的基因变异，通常可以用多态位点比例和每个位点的平均杂合度来度量。平均杂合度是衡量群体内遗传变异的有效指标。平均杂合度越大，群体内遗传变异程度越大。 群体内某一位点的平均杂合度：;例：沈见成等利用 个微卫星 标记对 个江苏地方鸡品种进行遗传多样性分析，结果 个地方鸡品种的平均杂合度为 ， 高于朱庆等利用 个微卫星标记测得的四川 个地方乌骨鸡种的平均杂合度( )和王德前等利用 个微卫星标记测得的中国部分地方鸡种的平均杂合度( ) ，说明了江苏的地方鸡种在总体水平上的遗传变异程度要高一些，遗传多样性相对更丰富。; 在重复序列的 变异如 、 指纹图中，群体内的基因多样性可通过以下步骤计算，并以 表示， 值是一个表明群体差别的值。;例：张细权等利用 个座位微卫星和 个 碱基引物得出的 ，分析了惠阳胡须鸡、杏花鸡和