经验力场模型分子力学.pdf

第六章 经验力场模型—分子力学 §6.1 引言 • ab initio方法— 精确计算分子的电子性质，计 算量大，对大分子无法计算； • 半经验方法— 通过近似，可以用于较大的有 机分子，但对更大的如生物分子来说还是不 适用； • 分子力学— 用来研究大分子体系的性质。 《量子化学与分子力学/分子模拟》 Nankai University 第六章经验力场模型 分子力学模型 Molecular Mechanics(MM) 分子由原子组成，因此孤立分子或相互作用 体系的势能是原子坐标的函数，采用Newton方程 表示(解析式) ，不使用波函数或电子密度。因此 分子力学可获得分子的平衡结构、振动光谱、热 力学性质等，但不能求得体系与电子结构有关的 性质。 经验力场计算的结果有时与最高级别量子力 学计算的结果同样精确，而所耗计算机的时间很 少，因此广泛用于分子动力学等模拟方法。 《量子化学与分子力学/分子模拟》 Nankai University 第六章经验力场模型 §6.2 势函数形式 分子力学中势能面是用解析经验势函数来 描述的，体系的势函数可以分解成多种势函数 的共同作用。通常分为键伸缩能Es 、键弯曲能 Eb 、二面角扭曲能Etor 、范德华作用能Evdw和静 电作用能Eelec等： E =E +E +E +E +E total s b tor vdw elec 《量子化学与分子力学/分子模拟》 Nankai University 第六章经验力场模型 键伸缩 键弯曲 键扭曲 Bond Stretching Angle Bending Torsion(Bond Rotation) ++ -- ++ 非键作用(静电) 非键作用(范德华力) No-bonded interactions No-bonded interactions (electrostatic) (van der Waals) 《量子化学与分子力学/分子模拟》 Nankai University 第六章经验力场模型 一个简单力场的函数形式： k k V N i 2 i 2 n       V(r )  (l l )  (  )  (1 cos(n )) i i ,0 i i ,0 bond 2 angels 2 torsion 2