锌酶的计算模拟挑战与进展.pdfVIP

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2019-05-24 发布于天津
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锌酶的计算模拟挑战与进展.pdf

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24 6 化学进展 Vol ． 24 No ． 6 第卷第期 20 12 6 PROGRESS IN CHEMISTRY Jun ． 20 12 年月 * : 锌酶的计算模拟挑战与最新进展 1 2 ＊＊ 3 ＊＊巫瑞波曹泽星张颖凯 (1．中山大学药学院广州 5 10006 ;2 ．厦门大学化学化工学院福建省理论与计算化学重点实验室厦门 36 1005 ;3 ．纽约大学化学系纽约 10003 ) ，，。摘要锌酶在人体中分布非常广泛种类繁多是当前最受关注的金属酶之一由于在锌配位结构上 Zn2 + d “ ” ，。的多样性以及饱和的轨道带来的光谱寂静性导致许多实验研究手段受限计算模拟在锌酶的研，。，究中发挥着越来越重要的作用已经成为不可或缺的研究工具现代量子化学计算模拟方法特别是被视为 QM / MM ，研究生物大分子体系非常有效的组合方法目前已经被广泛应用于探讨复杂多变的锌配位结构以。 QM / MM ，及锌酶催化反应机理通过在水平下开展的分子动力学模拟可以揭示锌酶体系中结构与功能间。，，的相互关系此外分子力场方法在锌酶研究中同样发挥了不可替代的作用由于传统力场普遍无法正确描，，。述锌配位结构因此锌酶分子力场的开发具有迫切的现实意义本文总结了近年来锌酶计算模拟领域的最，。新进展提出了锌酶计算研究中还有待解决的一些问题 / 关键词锌酶量子力学分子力学组合方法分子动力学模拟力场反应机理配位结构中图分类号:064 1. 12 ;O64 1. 4 文献标识码:A 文章编号:1005 -28 1X (20 12 )06 -1175 -10 Computational Simulations of Zinc Enzyme : Challenges and Recent Advances Wu R uibo 1 Cao Zexing 2