三色荧光技术在SNP检测中的应用3.PDFVIP

中　国　生 　物 　工 　程 　杂 　志 第 22 卷第 6 期 JOURNAL OF CHINESE BIOTECHNOLOGY 2002 年 12 月 三色荧光技术在 SNP 检测中的应用 夏宇杰 叶邦策 　 (浙江江南生物科技有限公司　湖州 　313009) (华东理工大学生物反应器国家重点实验室 　上海 　200237) 摘要 　利用三色荧光标记的A 、C 、T 双脱氧核苷酸单碱基延伸的方法结合编码寡核苷酸芯片 ( ) ( ) 技术检测单核苷酸多态性 SNP 的基因型 。以beta 地中海贫血样本基因 HBB 基因 突变作 为模型的研究结果显示该方法能同时对多位点的 SNP 进行检测 。 关键词 　单核苷酸多态性 　三色荧光 　单碱基延伸反应 　基因阵列 　 　 单 核 苷 酸 多 态 性 ( single nucleotide [3 ] 最终取代 目前最常用的微卫星标记技术 进入 polymorphism , SNP) ,主要是指在基因组水平上由 基因应用研究的领域 。关于 SNP 的研究已成为 于单个核苷酸的变异所引起的 DNA 序列多态 人类基因组计划的内容和 目标之一[4 ,5 ] 。 性 。它是人类可遗传的变异中最常见的一种 。 三色荧光反应 ———是指在反应中应用的A 、 占所有已知多态性的 90 % 以上 。SNP 在人类基 C 、G、T 4 种双脱氧核苷酸上分别标记不同的荧 因组中广泛存在 ,平均每 500～1000 个碱基对中 光 ,然后根据引物末端在延伸一个碱基后所携带 就有 1 个 SNP 位点 ,估计其总数可达 300 万个甚 ( ) 荧光的种类来判断碱基的类别 图 1 。此次实 至更多 。SNP 所表现的多态性只涉及到单个碱 验采用了A 、C 、T 三色荧光标记 ,再应用排除法 基 的变 异 , 这 种 变 异 可 由单 个 碱 基 的转 换 来判断碱基 G 。 ( ) ( ) transition 或颠换 transversion 所引起 ,也可由碱 1 　材料与方法 基的插入或缺失所致 。但通常所说的 SNP 是指 转换变异 , 即这种变异大多是 CT ( 在其互补链 基因组 DNA :本次实验采用正常人的基因组 上则为 GA) 转换 , 也可能是 CA 、GT 、CG、AT DNA 和 beta 地中海贫血患者的基因组 DNA 做样 转换 。但 CT 转换的发生率总是明显高于其它 本 。地中海贫血是一种遗传性疾病 ,其中beta 地 几种变异 ,具有转换型变异的 SNP 约 占60 %～ 中海贫血大多是 由于基因的点突变而引起的。 70 % ,其它几种变异的发生几率很相近 。这种 所有使用的基因组 DNA 来源于广西医科大学附 ( “单核苷酸多态性”是决定人类疾病 尤其是多基 属医院谢建生博士惠赠 。 ) [ 1] [2 ] 因疾病 易感性 和药物反应差异性