基于本体参考数据的生物医学本体融合模型研究-计算机应用与软件.PDFVIP

第３５卷第１０期　　　 计算机应用与软件 Ｖｏｌ３５Ｎｏ．１０ ２０１８年１０月　　 ＣｏｍｐｕｔｅｒＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓａｎｄＳｏｆｔｗａｒｅ Ｏｃｔ．２０１８ 基于本体参考数据的生物医学本体融合模型研究 曹春萍　张　政 （上海理工大学光电信息与计算机工程学院　上海２０００９３） 摘　要　　生物医学本体是在集成了多个高质量医学知识库的基础上形成的明确的知识表达系统。目前，该领 域本体大多单一存在，并只针对一方面知识进行概括。面对生物医学上问题的多样化和复杂性，多个本体进行融 合后会更好地促进领域知识的共享和表达，提供多维度解决问题的视角。ＧＯ（Ｇｅｎｅｏｎｔｏｌｏｇｙ）、ＤＯ（Ｄｉｓｅａｓｅｏｎｔｏｌｏ ｇｙ）和ＨＰＯ（Ｈｕｍａｎｐｈｅｎｏｔｙｐｅｏｎｔｏｌｏｇｙ）是生物医学中三个重要的本体知识库。通过对三个本体的结构和内容的 分析，回溯本体构建过程，从本体构建数据源中挖掘不同本体间存在的关联关系，从而达到本体融合的目的，实现 跨领域本体的知识共享。这对从基因分子水平上剖析疾病的产生，以及疾病在体征上的表达等因果串联性研究 有着重要意义。 关键词　　本体　本体融合　基因网络　ＣｒｏＧＯ 中图分类号　ＴＰ３　　　　文献标识码　Ａ　　　　ＤＯＩ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１０００３８６ｘ．２０１８．１０．００８ ＯＮＴＯＬＯＧＹＦＵＳＩＯＮＭＯＤＥＬＯＦＢＩＯＭＥＤＩＣＩＮＥＢＡＳＥＤＯＮ ＯＮＴＯＬＯＧＹＲＥＦＥＲＥＮＣＥＤＡＴＡ ＣａｏＣｈｕｎｐｉｎｇ　ＺｈａｎｇＺｈｅｎｇ （ＳｃｈｏｏｌｏｆＯｐｔｉｃａｌＥｌｅｃｔｒｉｃａｌａｎｄＣｏｍｐｕｔｅｒＥｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＳｈａｎｇｈａｉｆｏｒＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｓｈａｎｇｈａｉ２０００９３，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ　　Ｔｈｅｂｉｏｍｅｄｉｃａｌｏｎｔｏｌｏｇｙｉｓａｄｅｆｉｎｉｔｅｋｎｏｗｌｅｄｇｅｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｓｙｓｔｅｍｂａｓｅｄｏｎｔｈｅｉｎｔｅｇｒａｔｉｏｎｏｆｍｕｌｔｉｐｌｅ ｈｉｇｈｑｕａｌｉｔｙｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｆｒｏｍｔｈｅｍｅｄｉｃａｌｋｎｏｗｌｅｄｇｅｂａｓｅ．Ｃｕｒｒｅｎｔｌｙ，ｍｏｓｔｏｆｔｈｅｏｎｔｏｌｏｇｉｅｓｉｎｔｈｉｓｆｉｅｌｄｅｘｉｓｔａｌｏｎｅａｎｄ ｓｕｍｍａｒｉｚｅｔｈｅｋｎｏｗｌｅｄｇｅｏｎｌｙｏｎｔｈｅｏｎｅｈａｎｄ．Ｆｏｒｔｈｅｄｉｖｅｒｓｉｔｙａｎｄｃｏｍｐｌｅｘｉｔｙｏｆｂｉｏｍｅｄｉｃａｌｐｒｏｂｌｅｍｓ，ｔｈｅｉｎｔｅｇｒａｔｉｏｎ ｏｆｍｕｌｔｉｐｌｅｏｎｔｏｌｏｇｉｅｓｗｉｌｌｂｅｔｔｅｒｐｒｏｍｏｔｅｔｈｅｓｈａｒｉｎｇａｎｄｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎｏｆｄｏｍａｉｎｋｎｏｗｌｅｄｇｅ，ａｎｄｐｒｏｖｉｄｅａｍｕｌｔｉ ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌｓｏｌｕｔｉｏｎｔｏｔｈｅｐｒｏｂｌｅｍ．ＧＯ（ｇｅｎｅｏｎｔｏｌｏｇｙ），ＤＯ（ｄｉｓｅａｓｅｏｎｔｏｌｏｇｙ）ａｎｄＨＰＯ（ｈｕｍａｎｐｈｅｎｏｔｙｐｅｏｎｔｏｌｏｇｙ） ａｒｅｔｈｒｅｅｉｍｐｏｒｔａｎｔｏｎｔｏｌｏｇｙｋｎｏｗｌｅｄｇｅｂａｓｅｓｉｎｂｉｏｍｅｄｉｃｉｎｅ．Ｔｈｒｏｕｇｈｔｈｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆｔｈｅｓｔｒｕｃｔｕｒｅａｎｄｃｏｎｔｅｎｔｏｆｔｈｅ ｔｈｒｅｅｏｎｔｏｌｏｇｉｅｓ，ｗｅｔｒａｃｅｄｔｈｅｏｎｔｏｌｏｇｙｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎｐｒｏｃｅｓｓａｎｄｅｘｃａｖａｔｅｄｔｈｅｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｂｅｔｗｅｅｎｔｈｅｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｏｎｔｏｌｏｇｉｅｓｆｒｏｍｔｈｅｏｎｔｏｌｏｇｙｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎｄａｔａｓｏｕｒｃｅｓｏａｓｔｏａｃｈｉｅｖｅｔｈｅｐｕｒｐｏｓｅｏｆｏｎｔｏｌｏｇｙｆｕｓｉｏｎａｎｄｒｅａｌｉｚｅｔｈｅ ｋｎｏｗｌｅｄｇｅｓｈａｒｉｎｇｏｆｃｒｏｓｓｄｏｍａｉｎｏｎｔｏｌｏｇｙ．Ｔｈｉｓｉｓｏｆｇｒｅａｔｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅｆｏｒｔｈｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆｃａｕｓａｌｔａｎｄｅｍｓｔｕｄｉｅｓｓｕｃｈａｓ ｔｈｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎｏｆｄｉｓｅａｓｅｓａｔｔｈｅｍｏｌｅｃｕｌａｒｌｅｖｅｌｏｆｇｅｎｅｓａｎｄｔｈｅｐｈｙｓｉｃａｌｅｘｐ