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基因重排 摘要 本文对基于基因换位、倒置及复制的基因组重排问题以及两基因组之间亲疏关系的 评价体系进行了较为合理的模型构建、算法设计及求解运算。 对于问题一，通过观察发现其为一种特殊情形，可以简化为对10 个自然数由逆序 排列到正序排列所需的最少换位次数求解的问题。借助文献及合理的数论证明，我们得 +1 出n个自然数构成的逆序排列经过不断换位到其正序排列至少要变化⌈ 2 ⌉次的一般结 +1 论。由此可得，这两个物种之间至少发生了⌈ 2 ⌉ = 6次换位。 对于问题二，实则为有向基因组翻转排序问题。首先，我们通过进行基因排列数 字化及有向数列映射成为无向数列两个处理过程合理地简化了问题。继而我们通过绘制 断点图及相应的交替环图，结合偶翻转、定向边与非定向边的知识可以得到相应的交叉 图，并判断对应篱笆分支的有无及其存在的篱笆分支的画法。最后结合堡垒的概念，利 用Hannenhalli 和Pevzner 的研究成果我们得到有向基因组倒置排序次数的算法，经过 求解，这两个物种之间至少进行了7 次倒置。 对于问题三，采取逆向思维，从进化后入手分析反推到进化前，将各种变换过程进 行一一消除，采取“消除复制-消除倒置-消除换位”的步骤进行模型的建立。消除复制 与消除倒置的过程较为容易，我们着重研究消除换位的过程，首先对基因排列数字化， 继而使用贪心算法，合理地消除了换位。最后，进行总结与分析，我们得到了进化过程 及几个物种之间的亲疏关系为：R 与S 发生五次转换，亲缘关系较近；R 与T 及T 与S 均无亲缘关系。为了进一步确切得到R 与T 及T 与S 之间的亲缘关系，我们将基因删减 的情况考虑在内，对模型进行了优化，得到R 与T 发生七次转换，亲缘关系一般；S 与 T 发生九次转换，亲缘关系相对较远。 关键词 ： 数论、图论、断点图、交叉图、贪心算法 1 1.问题的重述 1.1 问题的背景 进化理论是系统生物学研究的一个主要分支,它主要研究种群的进化过程,以及各 现代物种之间的亲疏关系。1980 年代末生物学家发现，在一些种群中不同物种的基因内 部核苷酸序列差异很小，但是这些基因在各自物种的染色体上的位置差异较大。这一发 现表明进化理论的传统研究方法对有些种群并不适用，需要将基因在染色体上的位置这 一因素考虑进去，并占主导地位。另外，研究表明进化过程中基因在染色体位置的变化 既可以是单个基因的变化，也可以是一段连续基因的整体位置的变化，称为进化事件。 一个基因在染色体上的排列方式可以通过各种进化事件变成另外一个排列方式，所需的 最少次数称为最小转换次数，它可以用来衡量两个不同物种的亲疏。 1.2 问题的重述 (1)假设某两个物种基因在染色体上的排列分别为g g g g g g g g g g 和 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 g g g g g g g g g g ，并且在进化过程中只发生了换位事件，试给出算法计算这两物 10 9 8 7 6 5 4 3 2 1 种之间至少发生了多少次换位？ (2) 试给出算法来计算下面两个物种之间所需倒置的次数。 S ：g g g g g g g g g g T：g g g g g g g g g g 1 2 4 5 3 10 7 9 8 6 7 9 8 6 5 1 2 3 4 10 (3)建立模型，假设基因变换仅限于换位、倒置和复制，给出一个算法评价不同染 色体代表的生物的亲疏关系，并对如下例子计算结果。 例 R ：g g g g g g g