核小体及染色质修饰的基因组分布模式和染色质状态.pdfVIP

发布日期：2013-03-21 /cn/ch/common/create_pdf.aspx?file_nolag=1 生物化学与 物物理进展 Progress in Biochemistry and Biophysics 核小体及染色质修饰的基因组分布模式和染色质状 态* 1)** 2) 3) 1) 4) 1) 1) 刘宏德 罗 坤 马 昕 翟金城 万亚坤 谢建明 孙 啸 ( 1)东南大学生物电子学国家重点实验室，南京 2 10096) 2) 新疆医科大学第一附属医院神经外科，循证医学研究所，乌鲁木齐 830054 ） 3 ）南京审计学院金审学院， 南京 2 11815） 4) 东南大学 命科学研究院，南京 2 10096) 摘要 染色质是真核DNA 的存在方式，可以通过影响DNA 的可及性调节基因转录；其基本单元为核小体，系由~ 147bp 的DNA 缠绕在组蛋白八联体上形成的结构，核小体之 以连接DNA 相连.核小体组蛋白上能发 甲基化和乙酰化等化学修饰.核小体 位置、DNA 的甲基化和组蛋白的修饰等对染色质状态(常染色质或异染色质)及基因组之 的长程相互作用有重要影响.近年， 基于高通量测序技术，核小体位置和染色质修饰在多种细胞中的基因组分布已被测定.结果显示，这些标记的分布模式具有位 点特异、动态变化、相互偶联和高度复杂的特征.本文详细回顾并评述了核小体位置和染色质修饰的分布模式、对应 物学功 能、修饰之 的关联、实验测定技术、染色质状态的计算分析等内容；该工作对于深入认识和理解染色质的表观遗传调节机 制有重要意义. 关键词 染色质，核小体，组蛋白修饰，分布模式，高通量DNA 测序 学科分类号 Q7 真核生物DNA 以染色质形式存在，其基本单元为核小体；核小体系由~ 147 bp 的DNA 缠绕在组蛋白核 上形成的结构(Fig.1)，核小体之 以连接 DNA 相连 [1-2].组蛋白会发 甲基化或 乙酰化等化学修饰；构 成DNA 的胞嘧啶(C)也可在 5 端发 甲基取代修饰.在 期核中，染色质可有常染色质(Euchromatin)和异染 色质(Heterochromatin)两种状态，前者伸展且呈透明状态，后 卷曲凝缩；有丝分裂期，染色质高度螺旋、 折叠形成染色体.染色质是一种动态结构，核小体的位置、DNA 甲基化和组蛋白的修饰、染色质结合蛋白等 能深刻影响染色质的状态，这些因素的改变能导致染色质状态的改变.染色质状态决定了 DNA 可接近性及 DNA 在核内的空间位置[1]，调节蛋白与DNA 的结合，进而调控转录、DNA 复制、DNA 损伤修复等基本 生物过程，关于此内容的研究是表观基因组学分析的核心内容之一[3]. 近年，借助于二代测序技术(NGS)，关于染色质的分析进展迅速，多种 物的特定细胞的核小体位置、 组蛋白修饰(主要为组蛋白甲基化和乙酰化修饰)位置已经被测定[2-5].这些染色质修饰在基因组特殊位点周 围的分布具有特定的模式，带有复杂的生物学意义.本文将从核小体位置、DNA 甲基化和组蛋白修饰的基因 组分布模式及 物学意义、染色质修饰的实验测定技术、染色质状态的相关计算方法等方面阐明该领域的 *本课题受新疆维吾尔自治区自然科学基金（2012211A076 ）、国家自然科学基金、江苏省自然科学基金( 12KJD520006) 和973 项目(2012CB316501)的资助. **通讯联系人. Tel: 025 E-mail: liuhongde@ 收稿日期：20 12-12-25 ，接受日期：20 13-03-19 - 2 - 生物化学与 物物理进展 Prog. Biochem. Biophys. 研究进展.