山羊毛色稀释位点候选基因MLPH研究-动物遗传育种与繁殖专业毕业论文.docxVIP

摘要 摘要 本试验根据GenBank上已发表的牛(NC 007301)和狗(NC 006607)的 melanophilin基因序列进行设计引物，扩增山羊melanophilin基因的从部分内含子l 至外显子16序列片断(在内含子2和内含子9中由于特殊序列结构分别有两个估计 12．5KB和7KB的缺El没有测通)，测序总长度为19289bp，已提交到GenBank，序列 号为EU316218。为比较不同物种MLPH基因分化程度，也同时测定了绵羊MLPH基 因相应序列，序列号为：EU316219。 根据测序结果发现了山羊melanophilin基因序列上的76个点突变，其中处于外 显子的有18个，内含子的58个。依据序列号EU316218上的位置来命名这些突变位 点，处于外显子上的18个点突变分别为2486AC，5620AG、8731CG、8743GA， 8753GA，8765CT．8782CT、11512GA、11584GA，J『3夕98G彳，14012AG、 17308Tc、18904AG、i8927GT、1895lAG、18929‘Ilc．18955AC、秘18977AGo 其中引起蛋白质的氨基酸序列的改变的点突变共有6个，分别是Ala8731Gly、 Ar98743His、Pr08782Leu、Aspll512Asn、Glyll584Ser以及Lysl4012Arg。 处于内 含子的58个点突变分别为J4铅GT、2260GA、笱J『7G彳、5644CT，7935TC， 乃U8CT，7972GA、8067GC、80硒CT、8151GA，8242GA、8580TA、8587CA， 8610GA，8甜5C丁，9109GA、9385Z彳、8892TA，8923I：G，9009G彳、9125GA， 9179GC、9613TC、9656AC、l0028AG、99i8(T、10745GT、10831CT、 10515CT、10813CT、i0925lIG、11362GA、11395AG、1142ITC、11832CA、 J35彳2ZC，1377q嘣C，13782CG、13797AG、13898AC，1495}2GA，15144G彳， 15146AG、15592TC、15897TC、17041CT、17078TC、167iopA、16711cA、 1676lGA、16878GA、17041CT、17047TC、170781C、17200CA、17885CT、 18634p彳，和18740CT。 研究发现在melanophilin基因的酊8DD■，8587CA，8610G么．8645CT、 873ICG、8743GA、8753GA．8765CT和8御Cr九个点突变位点呈现完全连 锁现象。并且在我们测序的108个山羊个体中，野生纯和个体为92个，杂合个体16 个，所以推测该连锁位点可能为隐性致死基因。且该位点突变率在雷州黑山羊中分布 最高，为38．46％。 11584GA位点上检测到G和A两个等位基因。我们研究的9个山羊品种304 个个体中A为优势等位基因(83．88％)，突变率在不同品种中存在差异，分析表明， 成都麻羊突变率最高(39．58％)，其次为南江黄羊(在快长系、高繁系和黑色系中分 别为29．4l％、27．14％和26．53％)。剩余的几个品种中，除了承德无角山羊突变率为 13．89％夕b，其余四个品种，包括济宁青山羊、雷州山羊、辽宁绒山羊和唐山奶山羊中， 突变率都不足2％。并且GG基因型只在成都麻羊和南江黄羊三个品系中出现，所以 等位基因G可能为隐性，且与南江黄羊和成都麻羊特征性的麻褐色有关。 在获得的山羊序列的3’UTR区，发现罕见的poly(A)加尾信号AATAAG，我们 比较了不同物种的加尾信号。结果发现，其他基因中高度保守的AATAAA，对于彪∽日 比较了不同物种的加尾信号。结果发现，其他基因中高度保守的AATAAA，对于彪∽日 基因只在人、大猩猩、小鼠和挪威鼠中发现，另外一个单碱基突变体AATGAA在牛 和负鼠中发现。然而某些物种中，找不倒一个合适的六核苷聚体可以认为是加尾信号 或其变异体。可能源于膨甜’臁因较高的突变率，或者在膨甜．腱因的表达过程中有 其不同于其他基因的方式。 对于终止密码子，大部分物种使用TAA，包括山羊、绵羊、牛、马、猪、人、大 猩猩和小鼠。三个物种使用TGA，包括猫(正常的和提前终止的)，狗和挪威鼠。TAG 作为终止密码子只在负鼠和鸡中发现。氨基酸序列长度在物种间变异很大，从鸭嘴兽 的487aa至1]鸡的617aa，平均长度577．7aa，标准偏差34．6aa。对于偶蹄动物，变化从猪 的577砚到绵羊610aa。通过对4个偶蹄动物的序列比对，发现在绵羊193到196位有4个 氨基酸残基(QP