昆虫花绒寄甲气味结合蛋白DhelOBP21的分子模拟-微生物学专业论文.docxVIP

竺生奎些奎兰垫!!星堡主旦壅竺兰垡!兰些2丝奎3．3常规分子动力学模拟 竺生奎些奎兰垫!!星堡主旦壅竺兰垡!兰些2丝奎 3．3常规分子动力学模拟 ．19 3．3．1动力学模拟的状态 。19 3．3．2蛋白DhelOBP21的二级结构变化 22 3．3．3氢键的变化 ．．24 3．4恒定pH动力学模拟 ．．28 3．4．1动力学模拟的状态 ．．28 3，4．2二级结构的变化 一29 3．4．3氢键的变化 ．．32 3．5结合自由能的计算 ．34 3．5．1结合自由能的理论值与实验值的对比 ．．34 3．5．2结合腔处氨基酸残基的结合自由能贡献 ．．35 3．5．3结合自由能按照能量项的分解 ．．37 4讨{仑 ．．39 4．1模板的选择 ．39 4．2蛋白二级结构的变化与pH的影响 ．．39 4．3蛋白DhelOBP2l与小分子之间的结合自由能 42 4．4气味结合蛋白Dhel0BP21对气味小分子的选择性和杂泛性 42 5总结 ．．44 参考文献 45 附勇乏 50 发表论文 5 1 致谢 52 II 万方数据 昆虫花绒寄甲气味结合蛋白Dhel0BP2l的分子模拟摘要 昆虫花绒寄甲气味结合蛋白Dhel0BP2l的分子模拟 摘要 嗅觉系统能够感知外界环境中瞬息万变的气味信号，对于生命体的觅食、求偶、 避险、繁殖和警戒等各种生命活动都有重要意义。在气味的识别和结合过程中，气 味结合蛋白(OdoraIltbmdmg proteins，OBPs)首先探测、结合、区分并转运气味小分子， 然后呈递至气味受体(Olfactory receptors，ORs)等下游蛋白并最终产生嗅觉。因此研 究气味结合蛋白和常见气味物质间的相互作用机理对于理解气味的本质具有重要意 义。 本研究首先对花绒寄甲气味结合蛋白DhelOBP21进行了同源模建，获得了其三 维结构。发现它符合Minus．C类OBPs的特征：具有4个保守的半胱氨酸并形成2 个二硫键用于稳定蛋白的三维结构；结合腔相对疏水，利于结合疏水性气味小分子。 其后的分子对接则初步获得了蛋白DhelOBP21与18个小分子的结合构象，用于后 续的动力学模拟。 随后的常规动力学和恒定pH动力学模拟则首次观测到了气味结合蛋白的N端 在无规卷曲和Alpha螺旋之间的转变，我们据此提出了新的理论假设：对于Minus． C类的OBP，它们的构象同时受环境pH和小分子的调节。当pH由酸性增高到中性 时，蛋白的远离结合腔并且为无规卷曲的N端逐渐向结合腔靠近，并转变成规则的 Alpha螺旋，利于小分子的结合和转运；而当pH由中性降低为酸性时，蛋白的N端 由Alpha螺旋逐渐解旋为无规卷曲并逐渐远离结合腔，利于小分子的释放。 此外，蛋白结合腔内部的部分氨基酸残基对18个小分子(17个常见挥发物和荧 光探针lm，N)的结合活性都很高，它们为“基础性氨基酸”，可能决定蛋白结合小分 子的杂泛性；而另外一些氨基酸残基对于18个小分子的结合活性各不相同，它们为 “选择性氨基酸”，可能决定了蛋白结合小分子的选择性。 本研究对Minus．C类的气味结合蛋白和小分子的相互作用机制提出了新的理论 假设，并从蛋白的角度解释了气味结合蛋白结合小分子的杂泛性和选择性的原因， 为昆虫的气味识别和宿主定位等难题提供了新的洞察和理解。 关键字：气味结合蛋白；分子动力学；恒定pH动力学；MM-PBSA／GBSA；结合自 由能；杂泛性；选择性 万方数据 华中农业大学2016届硕士研究生学位(毕业)论文ABSTRACT 华中农业大学2016届硕士研究生学位(毕业)论文 ABSTRACT Olfactory system is highly tuned to perceive various chemical signals in the outward， which is vital for the feeding，calling behavior,risk-avoiding，reproduction and alert of the organisms．During the recognition and binding of the odors，the Odorant binding proteins (OBPs)is the first role in detection，binding，discrimination and transition of the volatiles． Then those volatiles are transported to the downstream proteins，such as olfactory receptors (ORs)，and lead to olfactory perception fin