两类密码子置换模型的正向选择估计及其统计检验-概率论与数理统计专业论文.docxVIP

两类密码子置换模型的正向选择估计及其统计检验-概率论与数理统计专业论文.docx

  1. 1、原创力文档(book118)网站文档一经付费(服务费),不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。。
  2. 2、本站所有内容均由合作方或网友上传,本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺!文档内容仅供研究参考,付费前请自行鉴别。如您付费,意味着您自己接受本站规则且自行承担风险,本站不退款、不进行额外附加服务;查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档,您可以点击 这里二次下载
  3. 3、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“版权申诉”(推荐),也可以打举报电话:400-050-0827(电话支持时间:9:00-18:30)。
  4. 4、该文档为VIP文档,如果想要下载,成为VIP会员后,下载免费。
  5. 5、成为VIP后,下载本文档将扣除1次下载权益。下载后,不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们
  6. 6、成为VIP后,您将拥有八大权益,权益包括:VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
  7. 7、VIP文档为合作方或网友上传,每下载1次, 网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等,对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档
查看更多
承诺书 本人郑重声明:所呈交的学位论文,是本人在导师的指导下,独立 进行研究工作所取得的结果。尽我所知,除文中已经注明引用的内容外, 本学位论文的研究成果不包含任何他人享有著作权的内容。对本论文所 涉及的研究工作所做出贡献的其他个体和集体,均已在文中以明确方式 标明。 本人授权南京航空航天大学可以有权保留送交论文的复印件,允许 论文被查阅和借阅,可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库 进行检索,可以采用影印、缩印或其它复印手段保存论文。 (保密的学位论文在解密后适用本承诺书) 作者签名: 日 期: 南京航空航天大学硕士学位论文 南京航空航天大学硕士学位论文 两类密码子置换模型的正向选择估计及其统计检验 两类密码子置换模型的正向选择估计及其统计检验 摘 要 系统发生学是分子进化生物学的一个重要研究领域,涉及生物信息学、数学、生物统计学 以及计算机等学科. 近年来,基于系统发生学的计算分子进化发展迅速,在进化遗传学、生态 学以及病毒学、发育生物学等实验生物学方面有很好的应用. 在对编码蛋白质序列研究时,通 常利用马尔可夫链理论进行置换模型的构建. 置换模型是研究分子进化的重要手段,因此,对 置换模型的研究具有重要的意义. 本文主要研究了两类密码子置换模型的正向选择估计及其统计检验. 本文在第二章中利用 CUSP 软件统计并计算了同义密码子的使用偏性值;在同义密码子的使用偏性的基础上建立了新 的置换模型,利用极大似然方法估计参数并判断了物种序列位点是否处于正向选择. 本文第三 章研究了基于两种颠换式样和离散选择变量分布的密码子模型,首先将传统意义上的颠换细分 成两类:A ??T 或 G ??C 间的颠换与 A ??C 或 T ??G 间的颠换,本文基于两种颠换式样构 建了新的密码子置换模型,同时在该模型的基础上考虑了位点间选择压力变量服从离散分布, 建立了另一个新的密码子置换模型. 最后对新建模型在数据集适应性方面作了比较. 第四章讨 论了系统发生树重建的统计标准,系统发生树的可靠性检验,以及置换模型选择的检验方法. 关键词:极大似然估计,密码子置换模型,马尔可夫过程,密码子使用偏性,正向选择,统计 检验 i PAGE PAGE iv iii iii Abstract Phylogenetics is an important research field of molecular evolutionary biology, involving bioinformatics, mathematics, biostatistics, computer science and so on. In recent years, the computational molecular evolution based on phylogenetics develops rapidly and has been widely applied in the fields of evolutionary genetics, ecology and biological experiment science such as virology and developmental biology. We usually introduce Markov chain to construct substitution models when we study the protein-coding DNA sequences. Substitution model is the important approach in study of molecular evolution, so the study for the substitution model is meaningful. In this paper, the positive selection estimation and statistic test for two kinds of codon substitution models are studied. In chapter 2, by using the CUSP program, we calculate the value of synonymous codon usage bias; Based on synonymous codon usage bias, a new substitution model is established, and we use the maximum likelihood approach to estimate parameters and detect whethe

您可能关注的文档

文档评论(0)

jianzhongdahong + 关注
实名认证
文档贡献者

该用户很懒,什么也没介绍

1亿VIP精品文档

相关文档