两个人类新基因TRPT1和PGL29的结构及功能分析-遗传学专业论文.docxVIP

中文摘要随着人类基因组及多种模式生物基因组测序的完成，摆在人们面前的任务 中文摘要 随着人类基因组及多种模式生物基因组测序的完成，摆在人们面前的任务 就是要从这些简单而复杂的核酸序列中，发现和寻找新的基因，并对所有的基因 的结构、功能及调控等方面进行研究，以期获得对生命本质和规律的认识。本论 文正是基于这样的背景之下，通过生物信息学分析，利用基因功能互补分析方法 和酵母双杂交等技术，对来自人体的两个新基因TRPTl和PGL29的结构、功能及 表达定位等方面进行了初步探讨。主要结果如下： ，舻朋全长eDNA序列共963bp，含有一个编码253aa的开放阅读框，其5’一 端和3’一端分别含有一个处于同一读框的终止密码和poly(A)加尾信号，该读框 编码蛋白的预测分子质量为27．8kDa，等电点为lO．13。TRPTJ基因位于基因组 中染色体llql2．3区，跨越长度为2．5kb。它包含8个外显子和7个内含子，除 第一个内含子的5’一端和外显子的边界外，其余均符合GT—AG规则。 瑚P7j基因编码的蛋白质TRPTI与酿酒酵母中功能已知的Tptlp蛋白有40％ 的同源性，但两者在核苷酸水平上同源性很低。TRPT]也与来自其它不同物种的 诸多蛋白序列有不同程度的同源性，但这些蛋白的大多数为未经实验证实的可能 蛋白(hypothetical proteins)。在TRPTl蛋白的氨基酸序列的中部区域，还有 一个唯一的功能未知的DUF60或者KptA功能域。此外，在整个氨基酸序列中， 还有4个蛋白激酶C磷酸化位点、3个酪氨酸激酶II位点等不同的修饰位点。 酵母7P”是一个生长必需的基因，其编码产物为一种tRNA剪接过程中去除 剪接点处形成的2’一磷酸基团的tRNA 2’一磷酸转移酶。根据TRPTI与模式生物 酵母Tptlp的同源性，我们构建了TP77的缺失菌株，利用plasmid shuff]e技 术，发现7舻71，能够互补酵母肼y突变的功能，证明脚，，是聊y的人类同源 基因。结合已有的研究，证明TRPTI蛋白就是tRNA 2’一磷酸转移酶。互补研究 的结果表明人体内存在着与酵母相同的tRNA剪接方式，反映了这种tRNA剪接途 径的高度保守性。同时也证明人体内具有两种tRNA剪接途径存在。 酵母双杂交筛选、pull down检测及Co—IP实验均证明TRPTI与功能未知的 PITl3蛋白之间存在着相互作用，说明7舻“基因除了参与tRNA剪接之外，还可能具有其它方面的功能，有待进一步研究。 PITl3蛋白之间存在着相互作用，说明7舻“基因除了参与tRNA剪接之外，还 可能具有其它方面的功能，有待进一步研究。 在TRPTl与PITl3的相互作用中，通过系列缺失方法，证明了TRPTl的功能 区(即PITl3的作用区)位于其氨基酸序列的80—220aa之间，基本上位于DUF60 功能域内。同时，对PITl3的功能区也进行了初步测定，在其氨基酸序列的 55—1lOaa之间为可能的功能位点。 用来自成人的12种不同组织的分析结果表明，TRPTl基因的表达具有组织特 异性差异。其在骨胳肌、心脏中的表达量最为丰富，在其它组织中的表达较低或 者不表达。据此，我们推测，人体内的两种tRNA剪接方式可能也存在着组织差 异，即：一种剪接方式存在于某些组织中，而另一种剪接途径可能存在于其它组 织中。TRPTl与GFP融合蛋白在细胞内的表达结果，显示TRPTl主要分布在细胞 核内，这与其具有的参与tRNA剪接成熟的功能是相符合的。 利用TRPTl及其多种同源性蛋白进行的系统进化树分析表明，它们能够将来 自不同或者相同类群的物种按照进化关系正确地区分开来。因此，TRPTl蛋白可 以作为一种进化标汜蛋白，用来反映物种间的亲缘关系。 f{[TL29的全长cDNA序列为1698bp，含有一个编码260aa的ORF，编码蛋白 的分子量为28．6kDa，等电点为5．07。PGL29基因定位于染色体16p13．3区，整 个基因长度4．Okb左右。由8个外显子和7个内含子组成。在PGL29的编码蛋白 中，共有4个WD40结构域。其全长氨基酸序列与模式生物酿酒酵母中的Lst8p 有44％的同源性。 根据P6L29表达菌株对各种氨基酸类似物的抗性测定结果，发现POL29与 LST8并无明确的互补关系。酵母双杂交筛选结果，也未得到特异地与PGL29相 互作用的蛋白质分子，因而现有的实验无法确定该基因的功能。为此，对实验的 方法、材料选择及相关基因的背景等方面作了讨论。 关键词： 聊7，， 铲刀，tRNA剪接， 基因功能互补，plasmid shuffle， 酵 母双杂交，组织表达谱，亚细胞定位，DUF60功能域，PGL29，WD40 功能域。 AbstractWith Abstra