单倍型分析及其在全基因组关联分析中的研究进展-猪业科学.PDFVIP

遗传改良 北京顺鑫农业小店种猪分公司协办 GENETIC IMPROVEMENT 单倍型分析及其在全基因组关联分析 中的研究进展 宋志芳，于国升，邢荷岩，芦春莲，曹洪战* （河北农业大学动物科技学院，河北 保定 071000） 摘 要：单倍型中含有丰富的连锁不平衡信息，单倍型分析在定位疾病和性状有关的基因方面具有更好的功效。利用 基因分型技术能得到大量的单核苷酸多态性标记(SNP)数据，单倍型分析能利用大量的SNP信息来揭示和探究复杂 性状的遗传机制，在全基因组关联分析（GWAS）中也扮演着重要角色。该文就单倍型分析的相关概念、原理和方法、 相关软件和在GWAS中的应用加以综述。 关键词：单倍型分析；单倍型频率；连锁不平衡；SNP位点；关联分析 如果要分析某基因中单个位点与动 区域内若干个决定同一性状的且紧密连 鸡、水稻等动植物的基因组，存在着数 植物复杂疾病或性状的关联程度，产生 锁的SNPs，具有统计学关联性，可以 量庞大的SNP位点，这些位点可能是 的结果可能是可靠的[1]。对某区域内多 是两个基因座或整条染色体。单倍型确 物种多样性的基础，与复杂疾病或性状 个位点组成的单倍型块与疾病或性状进 定后，绘制单倍型图可用于关联分析。 有关。但在遗传过程中，大多数染色体 行分析，才可能找到与之相关的遗传标 SNP密度和样本量影响单倍型的确定。 区域只有几种单倍型，SNP位点倾向整 记，进而发掘相关的候选基因[2]。单倍 1.2　单倍型块（haplotype block） 体遗传给后代。在GWAS研究中，得 型分析已经成为连锁不平衡分析和寻找 单倍型块指染色体上存在着的连续 到显著性位点，如果显著位点的密度低 重要基因等的工具。可以通过多种方式 的、稳定的、几乎不被重组所打断的单 和定位区间范围大，给后续的候选基因 和途径进行单倍型的构建及其频率的获 倍型区域。一般一个单倍型块有几个常 搜寻造成困难。如果利用单倍型分析， 得，比如对染色体进行测序、遗传标记 见的单倍型。以单倍型块为基础，进行 进行单倍型构建和关联分析，会进一步 结合家系信息进行连锁分析和通过软件 与疾病或性状与基因的关联分析是目前 缩短定位范围，发掘到更可靠的候选基 计算群体的单倍型频率等[3]。通过候选 最经济的连锁不平衡(LD)分析方法。 因[4]，因此，单倍型分析在GWAS分 基因法和连锁不平衡法可以确定与研究 1.3　连锁不平衡（LD） 析中是必不可少的。 对象相关的单核苷酸多态，但前者需要 又称等位基因关联，指在某一群体 2.2　单倍型分析的方法 全基因组测序，成本高。在对SNP芯片 中，不同座位某两个等位基因同时出现 传统的单倍型分析方法是利用家 数据与性状进行GWAS分析时，单倍型 在同一条染色体上的频率大于因随机分 系资料，分析亲子代不同遗传标记的 分析是其中重要的一环，获得与疾病或 布而同时出现的频率的现象，可称两个 传递模式。如果家系资料缺失，就不 性状显著相关的SNPs后，判断位点间 位点处于连锁不平衡状态。 能用此方法，且该过程复杂，不能分 的连锁程度，并计算每个单倍型的频率 1.4　标签SNPs（htSNPs） 析个体或群体样本。所以有必要开发 及其与疾病或性状相关性的P值，找到 指确定染色体某区段要确定单倍型 过程简单且适合家系或个体或群体样 全基因组内是否存在单倍型。在关联分 所必须、少量且关键的SNPs，可以确 本的单倍型分析方法，扩大使用范围， 析中，应该有效利用SNP信息，找到更 定单倍型或基因，降低基因型检测的工 增加准确度。随着SNP技术的发展， 多与动植物疾病或性状相关的可靠SNP 作量。有时少数几个htSNPs就能确定 出现了以DNA测序技术和构建数学模 位点，进行疾病治疗和动植物育种。 一个单倍型结构。 型分析单倍型的方法。前者通过DNA 1  单倍型分析的有关概念 2  单倍型分析的原理和方法 测序或特定位点的PCR扩增，分析