曙光HPC模版-高性能计算-河北大学.ppt

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * PBS运行 准备PBS脚本:namd.pbs #!/bin/bash ? #PBS -N namd #PBS -q blade_s1 #默认队列 #PBS -l nodes=2:ppn=12 #PBS -l walltime=100:00:00 ? cd ${PBS_O_WORKDIR}; ? NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` mpirun -np $NP -machinefile $PBS_NODEFILE --bind-to-core /public/software/namd/2.9/openmpi/intel/namd2 apoa1.namd 提交任务 qsub namd.pbs 查看作业 qsub namd.pbs BLAST使用介绍 BLAST介绍 生物信息学工具BLAST为一种“基本局域比对搜索工具”（Basic Local Alignment Search Tool），是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中通过双序列比对与查询进行相似性比较的分析工具。最初由NCBI（美国国立生物技术信息中心）的Altschul SF等人开发并开放源代码，后来产生了由不同组织修改