野生稻OrufipogonW1943cDNA克隆资源的优化研究报告.ppt

野生稻O. rufipogon W1943 1888条全长cDNA序列的数据分析 NCGR 2008-09-03 背景 野生稻O. rufipogon（AA genome）是与栽培稻关系最近的祖先水稻品种1,2。 具有许多优于栽培稻的农艺性状，比如耐旱、耐盐等等3,4； 公共数据库中有大量栽培稻的基因组序列信息5,6，同时也有大量的cDNA资源7,8； 极少野生稻的序列和克隆资源，比较成规模的是Oryza minuta (BBCC genome) 5,211条叶片ests9。 现状与目的 NCGR野生稻资源：克隆并精确测序了1,888个unique的O. rufipogon W1943 cDNA克隆。 期望通过W1943 cDNA序列与籼、粳稻cDNA序列的比较： 汇总一些水稻新基因、潜在野生稻特有的基因、W1943特有剪切方式基因、组织特异性高表达的基因和与microRNA相关的基因； 提供一些线索，供有兴趣者作进一步研究之用。 1888 W1943 cDNAs BLAST against cultivated rice genomic sequences and cDNAs 一、未匹配粳稻基因组之基因 定义：未能定位到O. sativa japonica Nipponbare genome sequences，但与籼稻93-11基因组序列有同源或与水稻ests序列有同源或与其它禾本科ests序列有同源。 且去除与细菌有同源的基因 解释：或者落于粳稻基因组测序gap中，或者籼稻特有的基因，或者野生稻特有基因。 二、水稻新基因 定义：能定位到栽培稻基因组序列的同源，但无任何已知水稻表达序列的同源。与rice MPSS搜索比较几乎没有找到匹配片段。 解释：水稻新基因。或者在栽培稻中表达量过低难于克隆，或者野生稻特有。 三、W1943特有剪切方式基因 定义：与栽培稻japonica基因组序列完全一致(100% identity)，同时与栽培稻表达序列同源但剪切方式独有(独特的AS剪切方式)。 解释：或只是尚未克隆到该AS表达方式；或为野生稻所独具。 四、组织特异性高表达基因 五、潜在miRNA及miRNA靶基因 microRNAs：21-23nt小分子RNA，由具发夹结构的70-90nt单链RNA前体经Dicer酶加工而来。具种间保守性。 作用方式：通过不完全互补结合到靶目标mRNA (多数3’ UTR区)，诱发蛋白翻译抑制，不影响转录本的稳定性；少数miRNA可能以类似siRNA的方式诱导靶目标mRNA的降解。根据互补的完全程度发挥不同的作用。 判断流程及标准11： 鉴定潜在的野生稻miRNA reference 1. Wang, Z. Y., Second, G., and Tanksley, S. D. 1992, Polymorphism and phylogenetic relationships among species in the genus Oryza as determined by analysis of nuclear RFLPs, Theor. Appl. Genet., 83, 565–581. 2. Londo, J. P., Chiang, Y. C., Hung, K. H., Chiang, T. Y., and Schaal, B. A. 2006, Phylogeography of Asian wild rice, Oryza rufipogon, reveals multiple independent domestications of cultivated rice, Oryza sativa, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103, 9578-83. 3. Zhang, X., Zhou, S., Fu, Y., Su, Z., Wang, X., and Sun, C. 2006, Identification of a drought tolerant introgression line derived from Dongxiang common wild rice (O. rufipogon Griff.), Plant Mol. Biol., 62, 247-59. 4. Tian, F., Zhu, Z., Zhang, B., et al. 2006, Fine mapping of a quantitative trait locus for grain number per panicle from wild rice (Oryza rufipogon Griff.), T