神经氨酸酶结构和功能.PDF

神经氨酸酶结构与功能 小组成员：张梦潘溪 李仕超汪秀会 主讲人：张梦 大纲  神经氨酸酶的背景知识  神经氨酸酶的核苷酸序列分析  神经氨酸酶的3D结构 神经氨酸酶 神经氨酸酶，又称唾液酸酶，是分布于 流感病毒被膜上的一种糖蛋白。 它具有抗原性，可以催化唾液酸水解，协 助成熟流感病毒脱离宿主细胞感染新的细胞。 在甲型流感病毒中，神经氨酸酶的抗原 性会发生变异，这成为划分甲型流感病毒亚 型的依据。 神经氨酸酶核酸序列分析 一、检索 二、比对 三、Blast与系统发育树 四、ORF分析 检索  （1）一般检索和高级检索方法检索 UniProtKB序列数据库中NA序列。  （2）搜索得到NA序列后，左上角为同源 聚类，点击100%、90%和50%都只有自身 一个结果。 比对 从UniProt数据库中检索并提取猪、人、 禽流感NA蛋白序列，利用WebLab 、 JEMBOSS等工具进行序列比对。 人类中NA蛋白仅能搜到H7N3，序列长度 为469aa 。猪和禽类研究较多，分别选取猪 的H3N2 （469aa）和禽的H5N2 （469aa） 作两两比对。 结果分析 猪 （H3N2）和禽 （H5N2）的NA蛋 白序列相似性较高，得分明显高于其 他两组。 N2和N3之间也有一定的相似性，但 相似性较低。 ORF分析 提取N1全长mRNA序列，用WebLab 中 PlotORF程序分析其可能的读码框。 F1为可能的读码框。其它的都断断续续，不能作为编码 阅读框。 猪H3N2 ，人H7N3 ，禽H5N2的NA蛋白序列比对 用WebLab 中ShowORF程序翻译得到氨基 酸序列： AF250363.2_1_ORF1 Translation of AF250363.2 in frame 1, ORF 1, threshold 2000, 469aa MNTNQRIITIGTICLIVGIISLLLQIGNIILLWMSHSI QTGEKSHPKVCNQSVITYENNT …… CFWVELIRGQPKESTIWTSGSSISFCGVNSGTAS WSWPDGADLPFTIDK 构建系统发育树 Uniprot检索条件为(organism:swine AND gene:na) AND reviewed:yes 得到八个结果 右上角download ，选择fasta格式保存八条蛋白序 列，如下 系统发育树 D_NA(Hong_Kong/4/1976_H3N2) F_NA_(Colorado/1/1977_H3N2) G_NA(Kanagawa/2/1978_H1N2) C_NA(Hong_Kong/3/1976_H3N2) H_NA_(Fragment)(Hong_Kong/127/1982_H3N2)