多媒体技术在结构化学课程中的应用.ppt

多媒体技术在《结构化学》课程中的应用 孙宏伟 sunhw@ 南开大学化学学院 Part 1《结构化学》多媒体的使用 Part 2《结构化学》多媒体的制作 Part 3《结构化学》多媒体素材制作 Part 1《结构化学》课程中多媒体的使用 §1《结构化学》讲授难点 基本概念多，涉及课程基础多 电子结构部分有大量相对比较抽象的理论概念和问题，同学们不易理解 空间结构部分要在有限的课时中使同学们熟悉大量分子和晶体的三维结构，不易建立空间概念，不易掌握 课时与内容的矛盾 §2《结构》课堂使用多媒体优点 图示和背景知识→抽象概念的理解 标准函数图和3D插件→波函数性质 动画、交互插件→分子、晶体结构 减少板书，增加讲解时间→课时少 §3 南开多媒体使用的历程 2001年前，全部板书，空间部分带模型 2002年，开始使用多媒体教学 氢原子波函数电子云图（图片，Origin, Surfer） 分子对称性(Symapps) 晶体结构(WebLabViewer) 2003年，部分使用多媒体教学 2004年 多媒体 2/3 2005年 多媒体 90% 2006年 全部采用多媒体，规范格式 增加动画 2007年~现在 逐年修改，更改为9章 §4 演示空间结构的两个利器 Symapps 6.0 Discovery Studio ViewerLite 5.0 Symapps 6.0 集成在ChemWindows 6.0中 安装文件：17M 显示分子3D结构(效果并不好) 内置MM2力场，可将2D结构转为3D模型 计算分子点群，显示对称元素 支持链接文件类型直接打开 Symapps 6.0 支持输入文件格式 .hin HyperChem .ent .pdb PDB .mol MDL .mop .mpc Mopac .sma Symapps 支持输出文件格式 .xyz .pdb .sma Symapps 6.0 简单应用示例 在ChemWindows 绘制环己烷 选择工具选择环己烷 Other菜单选择Symapps Symapps 6.0 单击计算3D结构按钮 得到优化后的环己烷 选择球棍模型按钮 显示球棍模型 单击计算点群按钮 出现参数对话框，选OK，给出计算点群结果 双击点群，显示对称元素 Symapps 6.0 鼠标在3D工具栏拖动，可将分子进行旋转、平移、放大或缩小 选择对称元素按钮，可选择性地选择显示某种对称元素 保存为.sma格式 Symapps 6.0 Symapps 6.0提供了44个Sample文件涉及以下点群： C2 C2h C2v C3v C4v Ci Cs D2d D2h D3 D3d D3h D4h D5h D5d D6h S4 Td Oh Ih C:\Program Files (x86)\Bio-Rad Laboratories\SymApps\Samples Symapps课件应用实例 Symapps课件应用实例 Symapps新版本KnowItAll 优点： 显示改进 输出视频动画(对称操作) 缺点： 无法使用链接 ViewerLite 5.0 安装文件小 5.7M 高水准分子显示功能 对晶体、蛋白质核酸有特殊显示功能 支持输入文件格式多 可直接输出较高水平的图片 支持输出专业3D渲染软件POVRAY 支持链接文件类型直接打开 ViewerLite 5.0 支持输入文件格式 .msv (Viewer binary file format .pdb .ent (Brookhaven Protein Data Bank) .mol .sdf .sd .mdl (Molecular Design, Ltd. [MDL]) .car (Accelrys, Insight II) .csd .fdat .dat (Cambridge Structural Database Crystallographic files) .mol2 (Tripos) ,msf (Accelrys, QUANTA) .msi (Accelrys, Cerius2) .cpd (Accelrys, Catalyst) .chm (Accelrys, Catalyst Query) .cif (Crystallographic Information File) .xyz (generic) .skc (MDL, ISIS) .grd (Accelrys, Insight II Grid File) .wvc (Viewer Command File) ViewerLit