蛋白质的构形.pptVIP

歐亞書局 CH4 蛋白質之三度空間結構 歐亞書局 4.1 蛋白質結構總論 4.2 蛋白質之二級結構 4.3 蛋白質之三級與四級結構 4.4 蛋白質變性與摺疊 p.117 p.117 每個蛋白質具有的特定化學或結構功能，強烈顯示蛋白質也具有獨特的三度空間結構（圖 4-1）。 我們將依下列五大主題探討蛋白質的胺基酸序列與其三度空間結構間的關聯。 （一）蛋白質的三度空間結構是由其胺基酸序列決定的。 （二）蛋白質的功能取決於其結構。 （三）一個被分離出的蛋白質通常以一種或少數幾種穩定 的結構存在。 （四）非共價交互作用力是用以穩定蛋白質立體結構的最 重要因素。 （五）從為數龐大的獨特蛋白質結構中，我們可以辨識出 一些規律的結構模式，這些模式可以協助我們統整 與分析現有的蛋白質結構資訊。 FIGURE 1-2 p.117 圖4-1　胰凝乳蛋白（酶）（一種球狀蛋白質）之結構。圖中放入甘胺酸分子（藍色）作為大小比較。目前已知的蛋白質三度空間結構均整理歸納於蛋白質資料庫（見 BOX 4-4）中。本圖胰凝乳蛋白的結構圖形是使用 PDB 檔案 6GCH 繪製而成。 圖 4 - 1 穩定三級結構的交互作用: 1疏水性的交互作用(hydrophobic interactions): 2靜電作用力: 3氫鍵: 4共價鍵:在蛋白合成時或合成後會形成共價鍵連結來改變polypeptide上的三級結構。影響三級結構最顯著的共價鍵為雙硫鍵(disulfide bridges)。 圖5.22 主要的三級結構之交互作用力 4.1 蛋白質結構總論 p.118 蛋白質的構形（conformation）係由其組成原子的空間排列所決定。任何具功能性、且構形摺疊正確的蛋白質均稱為天然（native）蛋白質。 蛋白質之構形主要是藉由弱交互作用力來穩定 從蛋白質結構的角度來說，穩定性（stability）被定義為「維持原態構形的傾向」。 對大多數生物的細胞內蛋白而言，弱交互作用力在多肽鏈摺疊成二級和三級結構時特別重要。而多條胜肽結合形成四級結構也是依賴這些弱交互作用力。 p.118 由於弱交互作用力數量非常龐大，故其為穩定蛋白質構形的主要因素。 一般而言，具有最多弱交互作用力的構形即為具有最低自由能之蛋白質構形（亦即其最穩定構形或天然構形）。 我們必須從其他角度思考何以蛋白質會傾向形成摺疊的天然構形。 在仔細分析各種非共價力的作用方式後，我們發現疏水性交互作用力（hydrophobic interactions）對蛋白結構的穩定性有最顯著的貢獻。 p.118 極性基團一般可與水形成氫鍵，因此可溶於水中。 疏水性作用力對穩定蛋白質的構形非常重要；蛋白質的內部通常具有一個由非極性胺基酸支鏈緊密堆積而成的疏水性核心（hydrophobic core）。 位於蛋白質內部的任何極性或帶電基團則必須有合適的配對對象將其極性以氫鍵或離子性交互作用的形式中和，才不致於降低疏水性核心的穩定性。 帶相反電荷基團間所形成的離子對，或是鹽橋的作用力都能對蛋白質結構造成影響。 p.119 本章中所談到的大部分結構模式均反映出兩個簡單的規則： 疏水性殘基大多位於蛋白質的內部，遠離水分子。 蛋白質中氫鍵的數目趨向最大化。 不可溶的蛋白質與膜內蛋白質（第 11 章）則因其功能及所處環境而依循略有差異的規則。但無論如何，弱交互作用力為極重要的結構要素。 總結 4.1 每個蛋白質都具有一個三度空間結構可以反映出其功能。 蛋白質結構可被多種弱交互作用力加以穩定。疏水性作用力為大多數可溶的球狀蛋白最主要的穩定力量；氫鍵與離子交互作用力則在許多熱力學上最穩定的特定結構中作最有效的運用。 多肽骨架中，共價鍵的本質也成為蛋白質結構限制的主因。肽鍵的部分雙鍵特性使得六個參與肽鍵的原子均位於同一固定不動的平面上，僅N—Ca與 Ca—鍵可分別以鍵角 與 ψ 轉動。 p.121 4.2　蛋白質之二級結構 二級結構（secondary structure）一詞是起源於描述一段多肽鏈，其主鏈上原子的區域空間排列，而非其支鏈的構形或是與其他多肽片段的關係。 α 螺旋是一種常見的蛋白質二級結構 伴隨著固定不動的肽鍵（但其他單鍵是可以自由轉動的），多肽鏈所能形成之最簡單排列就是螺旋狀構造，Pauling 與 Corey 將之稱為 α 螺旋（α helix）（圖 4-4）。 p.122 圖4-4 p.122 圖4-4(續) p.122 圖4-4　四種 α 螺旋之模型，可呈現出其不同角度之結構特性。(a) 右手旋 α 螺旋之球-棒模型，結構中的氫鍵以虛線顯示，螺旋的單圈（即其重複單元）包含 3.6 個胺基酸殘基。(