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第五章 多序列比对 第一节 简介 序列相似性比较： 就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等； 序列同源性分析： 是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等； 多序列比对的意义 用于描述一组序列之间的相似性关系，以便了解一个基因家族的基本特征，寻找motif，保守区域等。 用于描述一个同源基因之间的亲缘关系的远近，应用到分子进化分析中。 基因和蛋白质功能分析 其他应用，如构建profile，打分矩阵等。 全局性的多序列比对 注意 1. 最优的多序列比对，其两两序列之间的比对不一定最优 第二节 多序列比对的方法及应用 1. 渐进方法：progressive methods ClustalW/X, T-Coffee 2. 迭代算法：iterative methods PRRP, DIALIGN 3. 部分有向图算法： Partial Order Algorithm (POA) 4. 全局多序列比对的隐马尔科夫模型 ProbCons 5. 整合算