猪重要经济性状的QTL定位.doc

- PAGE 1 - 长白-蓝塘猪资源群第6号染色体的QTL检测 李加琪1 张豪1 刘小红2 高 萍1王翀1 吴秋豪2 张细权1 陈瑶生1* （1 华南农业大学动物科学学院，广州 510642。2 广东省畜牧技术推广总站，广州 510500。* 联系人，E-mail: yschen@） 摘要 本研究以国外猪种长白猪和华南地区优良地方猪种蓝塘猪为亲本，建立了用于QTL定位研究的F2资源群。选择PIC高、杂合度好的猪第6号染色体上的7个微卫星遗传标记进行第6号猪染色体基因组扫描，以定位影响猪生长性状、胴体组成性状和肉质性状的QTL。结果表明，在第6号染色体上存在影响猪胴体组成和肉质性状的QTL，其中影响胴体A点膘厚和瘦肉率等性状的QTL达染色体极显著水平（P0.01），影响体高、胴体B点膘厚、胴体C点膘厚、皮脂率、骨率和肌肉大理石纹的QTL达染色体显著水平（P0.05）。 关键词 QTL定位 第6号染色体 猪 资源群 微卫星 数量性状是由少数效应较大的主基因或数量性状座位（QTL）和许多效应很小的多基因控制的[1]。在DNA遗传标记发现以前，人们利用形态标记或者血液学标记，偶尔可以发现和某些标记连锁的QTL[2]。随着DNA标记的发现，以及基因组学等学科的发展，以微卫星DNA标记为主的猪连锁图谱构建已取得很大的进展[3]，因而通过这一饱和连锁图可以系统地进行猪QTL定位。进行QTL定位的主要方法有候选基因法和基因组扫描等二种；候选基因法主要根据生理生化知识选择所要研究的功能基因作为遗传标记，通过观察功能基因不同基因型的表型差异来判断是否存在QTL，这种方法简单、快速，并且一般可以不需要建立资源群，因而在QTL定位中的应用很广，但其前提是对所研究的功能基因结构要有深入的了解与认识，而且不能肯定不同基因型的表型值差异是否是由与该功能基因连锁的其他QTL所造成的。基因组扫描法则主要利用散在分布于整个基因组的DNA标记，通过差异比较大的猪种间杂交，建立资源群的途径[4],对资源群个体进行DNA标记定型和表型值测定，在此基础上用两个相邻的DNA标记，采用适当的统计学方法进行QTL的区间定位，它比利用单个标记的QTL定位具有更高的效率[5]。 最早利用DNA标记进行猪基因组扫描寻找QTL的研究首先由Andersson等（1994）[6]完成，他们利用欧洲野公猪与大白猪建立的资源群体，在4号染色体上的S0175微卫星标记附近找到影响脂肪率和背膘厚的QTL，可解释表型变异的20%。此后，应用微卫星DNA标记进行基因组扫描定位猪QTL的研究陆续有所报道，并在几乎所有染色体上都发现有影响猪经济性状的QTL[6，7，8，9，10，11，12]。 已有的研究结果表明，猪的第6号染色体有许多重要的基因，如钙离子通道基因（CRC1），心脏脂肪酸结合蛋白基因（H-FABP），存在着影响猪生长速度、肉质和免疫反应等性状的QTL[13]。因此，本研究利用我国华南地区优良地方品种蓝塘猪和外来猪种长白猪为亲本，建立了猪经济性状QTL定位的资源群体（LL-SCAU），利用微卫星标记对猪第6号染色体存在的QTL进行基因组扫描定位，为将来的标记辅助选择和基因位置克隆提供依据。 1 材料与方法 1.1 试验动物 长白×蓝塘猪资源群体采用F2设计，长白猪为高度选育的猪种，生长速度快，胴体瘦肉率高，蓝塘猪的生长速度慢，胴体瘦肉率低，但肉质好。分析表明，长白猪和蓝塘猪的断奶后日增重、达100公斤体重日龄、胴体平均背膘厚、100公斤体重时眼肌面积、胴体瘦肉率和肌内脂肪含量等性状的差异达极显著水平（P0.01）1） 李加琪. 猪重要经济性状的QTL定位与候选基因分析. 华南农业大学博士学位论文，2002。资源群所有个体饲养于广东省东莞板岭原种猪 1） 李加琪. 猪重要经济性状的QTL定位与候选基因分析. 华南农业大学博士学位论文，2002 1.2 基因组DNA提取及微卫星标记测定 猪只屠宰时接取血样，加2%EDTA抗凝保存，参照萨姆布鲁克等[14]的方法，利用苯酚抽提、乙醇沉淀的方法，提取猪全血基因组DNA，DNA样品4?C冷藏保存。根据已有的猪第6号染色体的连锁图谱（USDA-MARC 2.6，/browser?species=pig），选择7个遗传标记，参照Robic（1995）[15]，Zhao等（1999）[16]以及Ambady等（1997）[17]的报道合成引物，检测猪6号染色体上的7个微卫星标记的多态性，遗传标记在WAVE?核苷酸片段分析系统上进行定型，如表1所示。 表 SEQ 表 \* ARABIC 1 本研究所用的遗传标记 遗传 标记 上游引物 （5??3?） 下游引物 （5??3?） 等位 基因数 片段大小 （bp） MN003 TAACCATGAA