蛋白质跨膜区特性跨膜蛋白序列.PPTVIP

InterPro数据库 InterPro：http://www.ebi.ac.uk/interpro/ InterPro数据库由EBI开发，整合蛋白质家族、结构域和功能位点等资源。 整合UniProt、PROSITE、Pfam等12个成员数据库，检索结果准确。 目前最新的InterPro 26.0版本包含20329个条目，涵盖5542个结构域、12370个蛋白质家族。 PDB格式文件简介 PDB格式文件举例 * 练习五：SWISS-MODEL / 数据：C:\ZCNI\shixi4\SWISS-MODEL.txt 参考：/course/course-index.htm * 工具 网站 备注 Swiss-PdbViewer /spdbv/ 一个界面非常友好的工具，可以分析蛋白质的结构性质，比较活性位点或突变点 Jmol / 一个基于Java语言开发的三维观察工具，大多是作为一个内嵌式网页工具快速游览结构数据库数据 MolMol http://www.mol.biol.ethz.ch/wuthrich/software/molmol/ 免费的PDB三维分子观察软件，可以通过处理生成很漂亮的图形文件 PyMol / 一个基于开源的三维观察工具，有很多额外的插件来提升功能 Rasmol /software/rasmol/ 很有名的三维观察软件，操作界面简介，用命令行实现多种功能 VMD /Research/vmd/ 用内建的脚本来浏览、分析三维结构，还可以以动画的形式模拟蛋白质结构 Chime /products/framework/chime/index.jsp 网络游览器插件，可以在网页中直接观察PDB格式的文件 Chimera /chimera/index.html 免费分子模拟显示程序，还包括结构比对、药物筛选等功能 ICM-Browser /icm_browser.html 三维分子游览工具，有序列比对显示功能，由MolSodt公司免费推出 常用蛋白质三维结构观察和修改工具 * PDB格式文件简介 注解 REMARK 结构测定者 AUTHOR? 可能的错误提示 CAVEAT? 化合物名称 COMPND? 测定结构所用的试验方法 EXPDTA? 关键词 KEYWDS? 注明该id号已改为新号 OBSLTE? 化合物来源 SOURCE? 已撤消或更改的相关记录 SPRSDE? 说明试验方法类型 TITLE? 直角部分结晶学坐标 SCALEn? 直角－PDB坐标 ORIGXn 版权拥有者 MASTER? 分子类，公布日期，ID号 HEADER 结束 END 说明 记录类型? 片层 SHEET 残基序列 SEQRES? PDB与其它记录的出入 SEQADV 修订日期及相关内容 REVDAT 显示非晶相对称 MTRIXn? 对标准残基的修饰 MODRES 残基间化学键 LINK? 氢键 HYDBND? 非标准残基的同义字 HETSYM? 非标准残基 HET? 螺旋 HELIX? 其他序列库的有关记录 DBREF 有关记录 CONECT? 顺势残基 CISPEP? 标准基因的原子坐标 ATOM? 温度因子 ANISOU 说明 记录类型? 晶胞参数 CRYST1? 非标准残基的化学名称? HETNAM? 发表坐标集的文献 JRNL 非标准残基化学式? FORMUL 链末端 TER 非标准集团原子坐标 HETATM? 多亚基时，示亚基号 MODEL 转换因子 TVECT 亚基结束 ENDMDL 说明 记录类型? 转折 TURN? 二硫键 SSBOND 盐桥 SLTBRG? 特性位点 SITE? 温度因子 SIGUIJ 标准差 SIGATM? 字段名称 原子序号 原子名称 残基名称 链标识符 残基序号 三维坐标 空间大小 温度因子 原子名称 * SWISS-PdbViewer观察三维模型 SWISS-PdbViewer工具 /spdbv/ SWISS-PdbViewer主要功能 （1）查看使用同源建模法预测的蛋白质结构； （2）计算电荷分布，估算易受影响的表面； （3）计算并显示不合理的原子接触、氢键、角度； （4）人工编辑序列，如氨基酸突变、loop区域重建、旋转指定的化 学键，并通过能量最小化（energy minimization）调整修饰后蛋白质的结构； （5）测量原子之间距离和角度； （6）利用Ramachandran plot观察蛋白质结构的合理性。 * 菜单栏/工具栏 图层窗口 主窗口 序列联配窗口 控制面板 SWISS-PdbViewer主界面 回到原始构象 平移构象 构象缩放 构象旋转 SWISS-PdbViewer工具栏 原子距离 计算键角 二面角 显示范围 中心显示 原子信息 * Ramachandran图 结构叠