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关于超级计算环境 迟学斌 中国科学院计算机网络信息中心 超级计算中心 2002年7月20日 内容 动机 硬件平台建设 系统应用软件 基础并行软件平台 科学计算平台 应用领域 网格试验平台建设 我们的目标 动机 “十五”院信息化基础设施 改善科学研究所需的计算环境 更好地为我院知识创新工作服务 提高我院在超级计算领域的影响 国际发展动态 美国、欧洲和日本（98%） Earth Simulator，40万亿次 众多超级计算中心 动机 国内发展状况 曙光系列，神威系列，银河系列 国家高性能计算中心 CERNET高性能计算中心 北京市高性能计算机应用中心 上海超级计算中心 北京应用物理与计算数学研究所高性能中心 中科院计算机网络信息中心 动机 院内需求分析 区域气候－环境－生态耦合模式 需要2.5—3G的内存，40—50G的硬盘，主频500M Hz的单CPU，大约需要运行8个月 第一原理材料设计 处理几百甚至上千个原子的体系；需要7G内存，50G硬盘，64个Fe原子体系，1个k点(Gamma)，12500个平面波，384个能带，基态，无结构弛豫，SP3上128个节点并行时间为12分钟 硬件平台建设 超级计算机（2TFLOPS） 集群计算机系统（cluster） 大规模计算机系统（MPP） 共享存储计算机系统（SMP） 海量存储系统（100TB） 磁盘阵列（RAID） 磁带库（RAIT） 系统应用软件 用户使用环境 网格技术（Grid Technology） GLOBUS GPDK 异构系统资源的统一管理 网络计算服务 基础并行软件平台 数值代数软件 BLAS LAPACK ScaLAPACK 偏微分方程数值求解软件 PETSc 快速富氏变换 FFTW 科学计算平台 生物信息学 利用 EST 数据库发现新基因 地质与地球物理科学 三维地震成像数值模拟 材料科学 第一原理材料设计 聚合物加工过程的基础研究 科学计算平台 计算机辅助药物分子设计和药物筛选 生态环境 区域气候、环境和生态数值模拟 基础科学和应用科学 高精度差分方程与复杂流动的数值模拟 大系统的稳定性和分枝 网格并行自动生成器 应用领域 生物信息学 基因组序列拼接 蛋白质结构预测 材料科学 高温液态分子结构分析 生态环境 环境监控与预报数值模拟 网格试验平台建设 我们的目标 十六字：建立中心、完善环境、奠定基础、探索途径 建立中心-建立具有世界水准的、我院的超级计算中心（万亿次计算能力、万亿字节存储能力） 完善环境-完善我院科学计算环境 奠定基础-奠定网格计算的坚实基础 探索途径-探索通过计算进行科学发现的有效途径 * grid.ustc.edu.cn WAN grid.ncic.ac.cn 入口：grid.nhpc.ac.cn 155Mbps教育网 1Gbps校园网 东区、西区、安大 10Mbps科研网 100Mbps园区网 曙光2000、曙光3000 grid.cnc.ac.cn 一、主要存储与备份设备小释 ---- 磁盘阵列---- 磁盘阵列是将多个类型、容量、接口甚至品牌一致的专用硬磁盘或普通硬磁盘连成一个阵列，使其能以某种快速、准确和安全的方式来读写磁盘数据。 ---- 光盘塔---- 光盘塔由几台或十几台CD ROM驱动器并联构成，通过软件控制某台光驱的读写操作，使之按照人们的要求自动读取信息。 ---- 光盘库---- 光盘库是一种可存放几十张或几百张光盘、并带有机械臂和一个光盘驱动器的光盘柜，其机械结构比较复杂，但库容量较大。 ---- 磁带库---- 磁带库是一种可将多台磁带机整合到一个封闭机构中的箱式磁带备份设备，一般由数台磁带机、机械手和10到数十盒磁带构成，并可由机械手手臂自动实现磁带拆卸和装填，存储容量可达到数百BP。 二、小览备份技术 ---- 逐个文件的备份---- 它是最流行的一种备份方法。备份时，通过操作系统，打开文件，读取文件，写入磁带，然后关闭文件，实现数据备份。因为通过操作系统，占用较多的系统资源，而且在大量小文件的备份情况下性能很差。虽然如此，它仍是一种最经济的备份方法。 ---- 映像备份---- 它在备份时不以文件为单位，而是直接针对磁盘或驱动器，直接按扇区或簇读取数据，由于跳过了操作系统，具有较高的备份性能。但大部分软件均建议或要求在做映像备份时，不要去访问该磁盘。 ---- 集中管理和控制---- 针对网络上的多个备份设备，可以从一台机器上直接加以管理和控制。这对于大型网络的备份是非常有必要的。 ---- 推技术---- 推技术是一种代理程序，它安装在需要备份的客户机上，按照备份服务器的要求，代理程序产生需要备份文件的列表，将这些文件进行打包