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第一章 大规模基因组测序的原理与方法 1、基因组学是要揭示下述四种整合体系的相互关系: （1）基因组作为信息载体 （碱基对、重复序列的整体守恒与局部不平衡的关系） （2）基因组作为遗传物质的整合体 (基因作为功能和结构单位与遗传学机制的关系) （3）基因组作为生物化学分子的整合体 (基因产物作为功能分子与分子、细胞机制的关系） （4）物种进化的整合体 (物种在地理与大气环境中的自然选择） 2、为什么说基因组学是一门大科学？ （1）“界门纲目科属种”，地球上现存物种近亿，所有生生灭灭的生物，无一例外，都有个基因组。 （2）基因组作为信息载体，它所储存的信息是最基本的生物学信息之一；既是生命本质研究的出发点之一，又是生物信息的归宿。 （3）基因组学研究包括对基因产物（转录子组和蛋白质组）的系统生物学研究。 （4）基因多态性的规模化研究就是基因组多态性的研究。 （5）基因组学的研究必然要上升到细胞机制、分子机制和系统生物学的水平。 （6）基因组的起源与进化和物种的起源与进化一样是一个新的科学领域。 （7）基因组信息正在以天文数字计算，规模化地积累，它的深入研究必将形成一个崭新的学科。 （8）基因组的信息是用来发现和解释具有普遍意义的生命现象和它们的变化、内在规律、和相互关系。 （9）基因组的信息含量高。基因组学的研究又在于基因组间的比较。 （10）基因组学的复杂性必然导致多学科的引进和介入（各生物学科、医学、药学、计算机科学、化学、数学、物理学、电子工程学、考古学等）。 （11）基因组学研究的手段和技术已经走在生命科学研究的最前沿。 （12）基因组信息来自于高效率和规模化所产生的实验数据。 （13）人类基因组计划证明了基因组研究的迫切性和可行性。 3、大规模基因组测序的几个支撑技术是什么？ （1）Sanger双脱氧末端终止法 双脱氧终止法，即sanger测序法，是根据DNA在某一固定的点开始，随机在某一个特定的碱基处终止，并且在每个碱基后面进行荧光标记，产生以A、T、C、G结束的四组不同长度的一系列DNA片段，然后在尿素变性的PAGE胶上电泳进行检测，从而获得可见的DNA碱基序列。通俗点说，就是通过电泳的方法将一系列DNA片段从小到大排列起来，由于每条片段末尾都含有荧光标记的碱基，通过放射性自显影，即可读出这些碱基的种类，这些碱基的排列顺序，就是待测DNA的序列。 （2）PCR技术 聚合酶链式反应（PCR）是体外酶促合成特异DNA片段的一种方法，由 高温变性、低温退火（复性）及适温延伸等几步反应组成一个周期，循环进行，使目的DNA得以迅速扩增，具有 特异性强、灵敏度高、操作简便、省时等特点。它不仅可用于 基因分离、克隆和核酸序列分析等基础研究，还可用于疾病的诊断或任何有DNA,RNA的地方．聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction，简称PCR）又称无 细胞分子克隆或特异性DNA序列体外引物定向酶促扩增技术。 （3）DNA自动测序仪的发展 DNA序列测定分手工测序和自动测序，手工测序包括sanger双脱氧链终止法和maxam-gilbert化学降解法。自动化测序实际上已成为当今 dna序列分析的主流。美国pe abi公司已生产出373型、377型、310型、3700和3100型等dna测序仪，其中310型是临床检测实验室中使用最多的一种型号。本实验介绍的是abi prism 310型dna测序仪的测序原理和操作规程。 （4）生物信息学分析软件硬件设备 4、大规模基因组测序的两种策略是什么？二者有何区别？ （1）逐步克隆法（Clone by Clone） （2）全基因组霰弹法（Whole Genome Shot-gun） （3）二者的比较： 项 目 策 略 全基因组霰弹法 逐步克隆法 遗传背景 不需要 需要（需构建精确的物理图谱） 速度 快 慢 费用 低 高 计算机性能 高（以全基因组为单位进行拼接） 低（以BAC为单位进行拼接） 适用范围 工作框架图 精细图 代表测序物种 果蝇、水稻 人、线虫 5、人类基因组计划所构建的四张图是什么？ （1）遗传图谱：又称为连锁图谱（linkage map），指基因或DNA标志在染色体上的相对位置与遗传距离。 （2）物理图谱：以定位的DNA标记序列如STS作为路标，以DNA实际长度即bp、kb、Mb为图距的基因组图谱。 （3）转录图谱：利用EST（expressed sequence tags 表达序列标签）作为标记所构建的分子遗传图谱。 （4）序列图谱：通过基因组测序得到的，以A、T、G、C为标记单位的基因组DNA序列。 6、STS的定义，原理、要满足的条件及其来源。 （1）序列标记位点(STS)是一段短的DNA序列，通常长度在100到500bp，易于