第五章计算生物学基本方法.PDFVIP

第第 章章 第 章第五五章 计算生物学基本方法计算生物学基本方法 计算生物学基本方法计算生物学基本方法 §§§§5.5.1111 计算生物学计算生物学计算生物学计算生物学////生物信息学生物信息学生物信息学生物信息学 的三个层面的三个层面的三个层面的三个层面 初级层面 基于现有的生物信息数据库和资源，利用成熟的计算生物学 和生物信息学工具（专业网站、软件）解决生物学问题 —— 生物信息数据库 （NCBI、EBI、PDB等） ——基因组序列分析、序列比对软件 （GCG、BLAST、 CLUSTALCLUSTAL等等）） ——转录组数据分析软件 （Bowtie、BLAT）、代谢组数据分析 软件软件 （（SIMCASIMCA-PP）） ——系统发育树构造软件 （PHYLIP、PALM等） ——分子动力学模拟软件分子动力学模拟软件 （（GROMACSGROMACS、NAMDNAMD等等）） ——搜集、整理有特色的生物学数据集 中级层面 利用数值计算方法、数理统计方法和相关的工具，研究计 算生物学和生物信息学问题 ——概率、数理统计基础 ——科学计算基础科学计算基础 ——现有的数