生物序列的同源性搜索blast简介及其应用.pptVIP

* 4. 对最有可能的匹配序列进一步评分：以增强段init1所在的对角线为中心，划分出一个较狭窄的对角线带，利用S-W算法，来获得分值最高的局部比对，记作opt。 FASTA算法（四） * 决定采用initn或opt的分值，前者敏感度低但速度快。FASTA对每一个检索到的比对都提供一个统计学显著性的评估，以判断该比对的意义。 FASTA算法（五） * * 注意… FASTA对DNA序列搜索的结果要比对蛋白质序列搜索的结果更敏感。它对数据库的每一次搜索都只有一个最佳的比对，一些有意义的比对可能被错过。 * 两个保守区域的信息 返回 * Dot matrix分析 * 用Dot matrix分析基因中的重复序列 * 使用Dotter在斑马鱼序列的contig中定位ddah基因的位置 * A dot-matrix program with dynamic threshold control suited for genomic DNA and protein sequence analysis Erik L.L. Sonnhammer and Richard Durbin Gene 167(2):GC1-10 (1995) http://www.cgr.ki.se/cgr/groups/sonnhammer/Dotter.html * * 分析过程（六） 图形结果 * 分析过程（七） 匹配序列列表 * 分析过程（八） 具体匹配情况 * 为什么使用单机版的Blast？ 1.特殊的数据库要求。 2.涉及序列的隐私与价值。 3.批量处理 4.其他原因？？ 单机版的Blast使用（一） * 单机版Blast的基本操作过程 1.下载单机版的Blast程序 /blast/executables/ 目录下，下载对应的操作系统版本。 2.解压程序包(blast-2.28-ia32-linux.tar.gz) 命令是: $ tar zxvf blast-2.28-ia32-linux.tar.gz 单机版的Blast使用（二） * 下载正确的Blast程序包 blast:在本地运行的blast程序包 wwwblast:在本地服务器建立blast服务的网站 netblast:blast的客户端程序，直接链接至NCBI的BLAST服务器，使用BLAST服务，不需浏览器。 * 下载正确的Blast程序包 Blast程序包的名字上还包括了该程序包运行的硬件和操作系统环境： 硬件环境（CPU） 操作系统 sparc powerPC ia32 ia64 amd64 mips alpha linux macox solaris irix aix freebsd win32 hpux * 3.获取Blast数据库 a.直接从ncbi下载 /blast/db/ b.用Blast程序包提供的formatdb工具自己格 式化序列数据成数据库。 假设有一序列数据（sequence.fa，多序列，fasta格式），欲自己做成Blast数据库，典型的命令如下： 单机版的Blast使用（三） * 核酸序列： $ ./formatdb –i sequence.fa –p F –o T/F –n db_name 蛋白序列： $ ./formatdb –i sequence.fa –p T –o T/F –n db_name 单机版的Blast使用（四） * 4.执行Blast比对 获得了单机版的Blast程序，解压开以后，如果有了相应的数据库（db），那么就可以开始执行Blast分析了。 单机版的Blast程序包，把基本的blast分析，包括blastn，blastp，blastx等都整合到了blastall一个程序里面。 单机版的Blast使用（五） * 以下是一个典型的blastn分析命令： (待分析序列seq.fa，数据库nt_db) $./blastall –p blastn –i seq.fa -d nt_db –w 7 –e 10 –o 程序名 输入 数据库 窗口 e值 输出 seq.blastn.out 该命令的意思是，对seq.fa文件中的核酸序列对nt_db数据库执行blastn搜索，窗口大小是7，e值限制是10，输出的结果保存到文件seq.blastn.out 中。 单机版的Blast使用（六） * 5.Blastall的常用参数 -p 程序名应该是blastn，blastp，blastx，tblastn，tblastx中的一个 -d 数据库名称，默认nr -i 查询序列文件，默认stdin -e