第12章 结构信息与QSAR.pptVIP

12.1 结构与物性数据的采掘 12.1.1 QSAR中常用的结构参数及理论计算 12.1.2 Internet上的结构化学信息资源 12.2 2D-QSAR 12.2.1 多元线性回归 12.2.2 模式识别方法 12.2.3 人工神经网络 12.2.4 支持向量机简介 12.3 3D-QSAR：CoMFA和CoMSIA 12.4 3D以上的QSAR简介 结构与物性的关系是结构化学的重要内容, 也是化学中一个带有根本性的基础理论问题。获取所需的结构信息，并与物性数据关联，得到定量构效关系（QSAR）或定量构性关系（QSPR），进一步指导化学实践，这个问题涉及计算化学、化学信息学、化学计量学等多种学科。 认识到化合物的性质与其结构相关，并可借数学来描述，是19世纪后期的事。20世纪40年代，Hammett提出线性自由能关系, 开QSAR研究之先河。但真正推动这种研究大规模开展的是Hansch等人在20世纪60年代对药物分子QSAR的创造性研究，其主要目的是减少药物合成与试验的盲目性，提高研发效率，降低研发费用。 计算机辅助药物设计（CADD）自然成为十分活跃的研究领域。 CADD依据的基本原理是受体-配体关系。按照是否已知和利用受体的三维结构数据，CADD方法分为两类： 1. 不依赖于受体三维结构的方法。如2D的Hanch方程、3D的CoMFA和CoMSIA等。 2. 依赖受体三维结构的方法：在已知受体三维结构的情况下，有针对性地进行分子设计，代表性方法有Ludi、Leapfrog、GRID、DOCK等。 构效关系（或构性关系）研究是用某些数学方法将结构参数与活性（或物性）数据关联起来： 对一个具体问题，QSAR研究选择哪些结构参数，往往是成败的关键。结构参数也称为变量、特征或描述符。常用的有以下几类： 1. 拓扑描述符：反映分子中原子及化学键的类型、数目及其在二维空间的连接关系。常用的拓扑指数有分子连接性指数、Randic分枝指数、Winer指数等，可用一些程序，例如TOPIX来计算。 2. 几何描述符: 反映分子三维结构的几何特征，例如分子体积、分子表面积、分子立体参数等。许多计算化学程序可给出这类参数，例如 3. 电子描述符: 如电负性、HOMO能级、LUMO能级、超离域度、原子电荷密度、原子半径、电荷-半径比、键级，…。计算这些参数是量子化学最好的用武之地。 4. 理化描述符：物质的理化特征可用物理化学参数来描述，如化合物的疏水参数、熔点、沸点、蒸气压、溶解度等，这些参数多半是实验数据，但有些也可以计算出来。 5. 谱图描述符：例如，化合物某种基团中13C的NMR化学位移, 质谱上的质荷比m／e, 振动光谱或电子光谱上的吸收峰波数，等等。 6. 化学组成描述符：例如，某类无机物或有机物的化学组成、某些元素含量的比值等。 …… 1. 通用资源搜索引擎 通用资源搜索引擎很多，多数已为人们熟知。例如 百度 Google .hk Yahoo http://www. Yahoo. com／science／chemistry lnfoSeek http://www. infoseek. com AltaVista http://www. altavista.digital. com Excite http://www. excite. com Lycos http://www. lycos. com … 在化学信息数据库中, 化学结构数据库占有很大的比例。如果熟悉这些网站或数据库，不必使用搜索引擎就可直接链接。本节摘要介绍，以供参考。 美国国家标准与技术研究院（NIST）开发: Chemistry WebBook /chemistry/ 印第安纳大学分子结构中心 / 晶体结构和分子图来源 中国科学院计算机化学开放实验室 16/molinformatics.htm 曼彻斯特大学-结构化学部 http://spec.ch.man.ac.uk/Structural_Chemistry.html