Gaussian 09 GaussView5.0使用教程课件.ppt

文件工具栏【File】 从浏览器中拖入GV窗口 可以次选择多个文件用鼠标左键直接拖入GV窗口中，此时默认是为每个文件创建一个分子集合窗口； 用鼠标右键拖入GV窗口，松开右键时可以选择打开模式 每个文件一个分子集合 所有文件做成一个分子集合 用所有文件创建一个分子 精品 File菜单：文件打开保存 【New】 新建分子模型，有两种创建形式： (1)创建新的分子集合； (2)在当前分子集合中添加新的分子。 【Open】 打开已有模型和其他输出文件 【Recent Files】 快速打开最近打开过的文件； 【Related Files】 快速打开与当前活动分子相关的文件 【Refresh】 从原始文件重新加载当前分子。 【View File】 打开计算结果文件 【Results】 打开当前模型分子的结果文件。 【Save】 保存分子，将当前分子保存成输入文件。 精品 File菜单：其它功能 【Print】 命令或点击打印按钮进行打印。 【Save Image File】 将当前视图窗口中的影像保存到一个外部影像文件中。 【Save Movie】 用于保存当前分子集合中的不同帧作为一个电影文件。 【Preferences】 指定GaussView的各项默认设置。 精品 剪切、复制、粘贴、删除 粘贴有三种方式： 添加到同一个分子集合中的新的分子 替换当前视图中的分子（不可恢复，慎重使用！） 附加到当前视图中 删除执行后不可恢复，慎重使用！ 精品 坐标工具栏【Coordinates】 原子列表编辑器【Edit】→【Atom List】 精品 连接关系编辑器 【Edit】→【Connection】 精品 冗余坐标编辑器 【Edit】→【Redundant Coordinates】 精品 点群对称性 【Edit】→【Point group】 有对称性的分子，在计算中使用对称性能 极大的提升计算速度。 精品 练习 从头构建二茂铁分子，并将分子对称化到D5d。推荐步骤如下： 搭建茂环（D5h C5H5） 将搭建好的茂环append一份到窗口中，然后将两个茂环放置为堆积状态，调整环间距离约3.3埃 旋转其中一个环，使两个茂环处于交叉构象，并使用点群对称化。 用在质心加入原子的方法加入铁原子并对称化。 调整键长到标准距离并定义联接关系。 目标键长 RC-C=1.44 RC-H=1.07 RC-Fe=2.10 GV_Exercise_3_OK.gjf 精品 分子轨道编辑器 【Edit】→【MOs】 要查看分子轨道图形需要打开chk或者fchk文件 精品 一些注意事项 连接编辑器 使用鼠标也可对原子进行重排，其操作以参考原子为基础进行: ①左键点击。指定点击原子为参考原子。 ②右键点击。点击原子与参考原子交换原子标签，该原子成为新的参考原子。 冗余坐标编辑器 用于创建和编辑冗余坐标,冗余坐标常用于Gaussian 优化或势能面扫描中。 分子轨道编辑器 注意需从检查点文件中读入文件。 精品 计算工具栏【Calculate】 ◆创建 Gaussian 作业 【Calculate】→【Gaussian Calculation Setup】 精品 【Job Type】选项卡 精品 【Method】选项卡 精品 【Title】选项卡 精品 LOGO 表中所显示的栏目由工具栏上的按钮I控制。 高光按钮对应的栏目才是可见的，这些按钮均是开关按钮，通过点击这些按钮可以显示或隐藏相关栏目。 只有与当前分子结构相关的按钮才是可用的。 2. 从左边开始，它们分别管理 Z — 矩阵、笛卡儿坐标， PBC 任务中的分数坐标、 ONIOM 层指派及相关设置、分子力学的原子类型和数据、 PBC 文件残基和链数据等的显示。注意，阴影栏目是只读的。 在打开含有几何优化、势能面扫描、反应路径分析或 ADMP/BOMD 轨迹等计算结果的输出文件( *. out , * . log 和 *. cl州时, 需勾选j 。 这样，在优化过程中得到的每个结构，都会成为新的分子集合中独立的模型分子，在视图窗口中，可以动态地显示分子集合中每个分子的结构。否则，将只能显示优化后的最后一个结构。 　　　点击[Results] 菜单下的[ Scan] 、 [IRC] 、[ Trajectoη] , [ Optimization] 等菜单命令时，可以显示这类计算结果的能量变化图及其他计算结果图形 精品 Gaussian 09 GaussView5.0 GaussView与Gaussian GaussView是Gaussian软件的图形用户界面； GaussView 5.0 Gaussian 09 GaussVie