清华大学--分子动力学(Multi-body+System+Molecular+Dynamics).pptVIP

分子间势能及相互作用 一些气体的参数 kB=1.38x10?23(J/K): Boltzmann常数 Neon Argon Krypon Xenon Nitrogen ?(nm) 0.275 0.3405 0.360 0.410 0.370 ?/kB(K) 36 119.8 171 221 95 分子间势能及相互作用 相互作用 标量形式： 直角坐标： 至此，各粒子间相互作用已知，可进行模拟了 模拟的数学方法 Euler法和Euler-Cromer方法？ 不能用：不能保持总能量守恒 Verlet算法：速度形式 模拟的数学方法 Leap-frog算法： x的截断误差为 ，v的截断误差 模拟的数学方法 边界条件 模拟能力限制，不能模拟大量分子，只能模拟有限空间中的有限个分子：有限空间?边界 固体（刚性）边界条件 不仅仅有分子间的相互作 用，还引入了壁面的作用 分子量大时，壁面作用可 忽略不计 模拟的数学方法 取 ~ ， 前比值为0.2~0.01。取前值，模拟粗糙；取后值，模拟计算量太大 处理方法：使用周期性边界条件 周期性边界条件 ￥ ￥ ￥ ￥ 模拟的数学方法 两个不同粒子在x或y方向上的最大分离距离为a/2 最小像约定：两粒子分离距离最大分离距离，相互作用力可以忽略，而加入其中像粒子之一相互作用力来考虑 模拟的数学方法 考虑的粒子总数不变 初始条件 随机初始条件给法之一 要求 大小： 条件一：规则给法 条件二：随机给法 模拟的数学方法 random：随机数产生函数，产生(0，1)之间的随机数。 方向(按球坐标给法)： 分量 ： 模拟 微观量 温度 根据统计热力学，平衡态下经典系统的能量中的每一个二次项具有平均值kBT/2,即 注意：上式在系统质心速度为0时适用 空间维数 粒子个数 ：取时间平均 模拟 问题：如何给定系统的初始条件，得到所需要的平衡态温度Teq？ 解决方法之一：速度标定法 任给初始条件，模拟到平衡，得到系统平衡态温度T。一般T?Teq。令 用速度 再模拟直到平衡，若所得温度仍不等于Teq，再进行上述过程 给定初始条件：xi，vi 计算到平衡态 |T - Teq|≤ ε f = Teq/ T vi = vi f 1/d 计算结束 Y N 其它方法：Gaussian热浴法（约束温度调节方法） 其基本原理在运动方程中加入“摩擦力”项，并将其与粒子速度联系起来。 平衡态时，系统温度不变，因此dEk/dt=0 宏观性质的统计 系统的势能 系统的内能 系统的总能 E = Ep+Ek 系统的温度 模拟 热容 定义热容 计算系统在温度T和T+?T时的总能ET、ET +?T， E：系统总能 模拟 压强 对壁面的压强 ?t时间里作用在单位面积壁上的压力 时刻，速度为 时刻，速度为 刚性壁 模拟 粒子速度分布 选速度间隔?v，模拟nt个时间步，记录在每个速度间隔中的粒子数，最后归一化。 模拟 气、液状态方程 维里定理(Virial Theorem) 压强 体积 粒子i的位置矢量 粒子i所受到的其它粒子的合相互作用力 温度的模拟 可得此项 在温度的模拟基础上再模拟此项 模拟 例：用此可确定高密度气体和液体状态方程(van der Waals方程)中的系数 理想气体状态方程在高密度情况下不可用 确定系数a和b 气体密度 * * 气体与等离子体动力论课程中，求解BE，得到的解中包含分子间相互作用模型，如果要确定输运系数，也必须选取分子间相互作用模型。 在MDS（Molecular Dynamics Simulation）中，势能模型的选取是最为重要的环节。模拟能否成功取决于能否正确地选择势能模型。对于简单分子，常采用硬球、软球、Lennard Jhones模型、Kihara模型等等。 对复杂分子，可以采用多中心的位置－位置相互作用模型，但中心间的相互作用仍为简单模型。 对带电分子或离子，还要引入库仑作用 * 物理方面的应用：研究流体的输运特性，包括粘性系数、热传导系数、扩散系数、热扩散系数，有些系数可以通过试验测得，有些时候不能。包括物态转变、膨胀过程、输运过程 化学方面：反应机理，高分子 生物方面：生命科学，蛋白质的研究 材料方面：纳米材料、结构材料、其他的功能材料 高分子、生命科学、药物设计、催化、半导体 其它功能材料、结构材料 * * * * 刚球模型：距离真实情况太远，在r＝d处太陡，没有考虑长距离时的吸