I.安装ganglia所需软体.doc

PAGE 2 卓于生 張子杰 劉正堃 PAGE 87 於叢集與格網計算環境上的mpiBLAST之實作 於叢集與格網計算環境上的mpiBLAST之實作 Implementation of mpiBLAST on Cluster and Grid Computing and Environments 942821 卓于生 942826 張子杰 942931 劉正堃 指導老師：楊朝棟 教授 High-Performance Computing Laboratory Department of Computer Science and Information Engineering Tunghai University TOC \h \z \t heading1,1,heading2,2,heading3,3,heading4,4 一、 摘要 4 二、 簡介 4 1. 起緣 4 2. mpiBLAST 5 3. Service 6 三、 前言與文獻回顧 6 1. 目前的問題 6 2. 解決問題之方法 7 3. mpiBLAST基本使用手冊 7 四、 軟硬體系統說明 9 1. 軟體架構 9 2. 網路硬體架構 9 2.1. 硬體架構 9 2.2. 硬體架構圖 10 五、 實作 11 1. 建制Grid環境並且運行MPICH-G2版本 11 1.1. 前置作業 11 1.2. 安裝 Globus Toolkit 4.0.4於 Fedora Core 8 14 1.3. 安裝 J2SE SDK 15 1.4. 安裝 Apache Ant 17 1.5. 安裝 Globus Toolkit 20 1.6. 安裝 MPICH-G2 34 1.7. 安裝Ganglia Installation 38 1.8. 安裝NWS Installation 48 2. LAM/MPI版本 54 2.1. 前置作業 54 2.2. 需要帳號 55 2.3. 需要軟體 55 2.4. 設定Fedora 7 55 2.5. Setup MPI 63 3. mpiBlast 67 3.1. Testing mpiBLAST 75 3.2. 疑難排解 80 4. 詳細使用說明 80 4.1. step.1 80 4.2. step.2 80 4.3. step.3 80 4.4. step.4 81 4.5. step.5 82 4.6. step.6 83 4.7. 正在執行運算的機器狀態 83 4.8. 取得分析資料 84 5. 參考資料 86  摘要 網格雖然提供了龐大的運算及儲存能力來幫助使用者可以在較低廉的成本下解決問題，但若站在使用者角度來看，往往開發出來的應用程式，並非易於使用。因此，普遍性將大打折扣。 本專題所做的方面可分為服務端(Server)以及使用者端(Client)兩個角度的實做來看。其中Server端是以HPC的BIO主機群為主軸，提供的是整個格網/LAM環境的計算能力、資料儲存能力、服務架構以及如何整合使用者的需求。至於Client，則是基本的指令下達操作，並不需要擔心其他方面的情況。例如：當服務點改變必須更改連結點、軟體安裝問題(JVM、平台不同…)等等，因此，在這裡我們使用遠端登入(ssh)來達成服務端與客戶端溝通的目的。 簡介 起緣 生物資訊的發展，侷限於龐大的資料量，若想建立生物資料庫來存放已知基因序列，進而開發生物軟體，將新序列與資料庫內的資料做比對是一件困難的事。而且，這種程序衍生出一個重要的問題，現在常用的生物資訊軟體，五花八門，各有其優缺點，開發者為了提高結果的可信度，常會使用各種不同的應用軟體做比對，以便求得一個最佳、最可信賴的綜合評比，但這個動作往往是耗時又耗工，且各個軟體的使用方式亦不盡相同，因此，求得綜合評比的困難度無疑是雪上加霜。主要問題是現存的生物資訊軟體皆需透過指令列逐一下達命令，這樣對使用者相當不方便，他們除了要專注精神在自己的專業領域上，還需學會基本的系統操作與指令化的介面使用。此外，若系統出現其他問題，還得仰賴工程師來解決。有鑒於此，所以本計畫將如何使用Grid以及LAM的環境來進行生物軟體的運算的所有步驟進行了整理，意即讓一般使用者能夠依循著固定的步驟，就能利用這些分散式運算能力迅速進行這些運算並且獲得結果。 mpiBLAST mpiB