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基于生物分子网络的疾病风险基因筛选 陈丽娜 目 录 一、生物分子网络 二、生物网络的性质分析 三、风险基因的筛选 人类蛋白质相互作用是动态的、具有时空性的，能在细胞和生命有机体整体水平上阐明生命现象的本质和活性规律。 蛋白质互作失常往往导致糖尿病、癌症等疾病的发生，所以人类蛋白质相互作用在疾病的研究中发挥重要的作用 人类肝脏蛋白质相互作用网络 生物分子网络 1、概念： 生物分子网络是指生命系统中形态与功能上特化的细胞集团之间，以及各种生物大分子在组合上相互关联的结构形式。 生物分子网络 2、构建： 以图 G= (V, E)表示网络，其中： V 是网络的节点集合，每个节点代表一个生物分子（基因、蛋白质等）； E 是边的集合，每条边代表一对节点之间的相互关系（互作、激活、抑制等）。 有向、无向网络 加权、无权网络 3、类型： 蛋白质互作网络：STRING、HPRD、DIP 转录调控网络：TRANSFAC、TRRD 信号传导网络：PID、Pathway?commons 代谢网络：KEGG、Reactome 生物分子网络 生物分子网络 4、衍生网络： 疾病-基因网络 疾病-疾病网络 药物-疾病网络 生物分子网络 5、表示方法： 边列表 邻接矩阵 生物网络的性质分析 1、网络节点的性质分析： 度：网络中直接与v相连的边的数目。 聚类系数：节点v邻居间的连接程度。 最短路径：在连接两个节点的所有路径中，长度最短的路径称为最短路径，最短路径的长度称为节点间的距离。 介数：节点v出现在其他节点间最短路径中的比例。 直径：所有连通节点之间最短路径长度的最大值。 平均距离：所有连通节点之间最短路径长度的平均值。 生物网络的性质分析 2、网络的无尺度特性分析： 是指网络中连通度的分布符合幂率分布，即P(k)~k-r的网络。 在无尺度网络中大部分节点的连通度较低，少数连通度非常高的节点使网络连接在一起，少数节点所代表的生物分子起到关键作用。 许多自然状态下的网络都是无尺度网络。生物系统中，无尺度现象更加普遍。 生物网络的性质分析 3、网络分析软件： Cytoscape：图形可视化、编辑和分析生物学网络的软件。 能够为网络添加丰富的注释信息，也可以方便地加载自身以及第三方开发的大量功能插件。 生物网络的性质分析 4、网络中复杂疾病基因的特性分析： cancer 冠心病等 1、概念： 风险基因的筛选 风险基因的筛选 2、常用方法及工具： 基于网络拓扑性质：ToppNet、DADA 基于功能特性结合网络：ToppGene、GeneMANIA 基于表达值结合网络：GeneRank 基于文献：PolySearch、BITOLA 方法评价：留一法 STRING STRING数据库 不仅存储了已知实验证实的蛋白质互作数据，还存储了预测的蛋白质互作数据。 HPRD HPRD数据库 是一个包含了蛋白质注释信息，蛋白转录后修饰以及蛋白互作等多种信息的人类的综合性数据库。 DIP DIP数据库 包含人工检查评价的可靠互作信息和计算预测器所获取的高通量数据。 TRANSFAC TRANSFAC数据库 提供转录因子以及它们在基因组上的结合位点信息。 TRRD TRRD数据库 提供真核生物基因调控区结构、功能特性信息。 PID PID数据库 存储了大量的信号通路和关键的反应以及各种分子互作。 Pathway commons Pathway commons数据库 是一个包含了生物通路信息及蛋白质互作信息的多物种综合数据库。 KEGG KEGG数据库 是关于基因、蛋白质、酶、代谢子、药物、生化反应以及通路的综合生物数据库。 Reactome Reactome数据库 是一个含多物种信息的通路数据库，存储了大量的代谢通路信息及生化反应信息，这些信息从生物学实验和文献中提取，并经过人工校正。 THANK YOU !