NTI vector 使用简介终稿.ppt

Vector NTI 使用简介 启动主程序 打开本地数据库 拼接contigs 序列比对 Vector NTI各组件及功能一览 基因组数据分析 蛋白与DNA分析 下载的文献查看 蛋白三维结构查看 检索文献 主要内容： 第一部分 软件的获得，安装，简介 第二部分 序列的操作 限制性酶切位点分析 图谱的编辑与输出 序列的拼接 —— Contig Express 蛋白质结构观察 电泳胶片分析 1.1 程序的安装和执行程序 程序的下载：/html/201208/4799014.html 破解程序步骤： 先安装程序； 解压Crack，里面有九个文件，全选复制至X（安装的盘符）:\Program Files\Invitrogen\Vector NTI Advance 11\文件夹，替换原文件，即可完成破解； 破解后，打开程序，打开“Help”菜单中的“License Manager”，在Applications选项卡中将所有程序后面的“Demo mode”都改为“Dynamic license”，退出程序，下次打开程序即可正常使用； 激活成功后，程序右下角应有一个绿色对勾，而不是之前的红色叉边勾。 文字窗口会将分析结果，作简单的文字叙述，并且可以自动做注记； 图谱窗口会将序列以一个图形展示，同时具有绘图的功能； 序列窗口会将分析结果，标定在序列上面，以序列呈现出来。 1.2 程序的主界面 1.3 查看和建立数据库 程序事先内建好的序列数据，可以直接点选开启。 根据不同的类别查看 点击此处新建子数据库 点击此处新建对应类别的分子，酶等 该序列的常规信息 以图形的格式展示序列的特征区及酶切图谱 序列信息：默认以双链形式显示 2.1 序列的操作 一、序列的导入 1、只知道序列： 点击File菜单中的Create New sequence——Using Sequence Editor（DNA/RNA……）； 在出现的“New DNA/RNA Molecule”对话框中，填入对应的各项； 在Sequence and Maps中点击“Edit Sequence”按钮，将DNA序列复制后，点“Paste”按钮-点“OK”－确认后就可以完成序列导入。 2、从GenBank上下载的序列文件： 点击 “Molecule” 菜单-Open-Molecule files命令，找到序列文件，在File format中选中GenBank Files；点击OK。 2.2 限制性酶切位点分析 以构建的pMind-Ms2198UD-SacB敲除载体为例： 1、空白处单击右键，选择“Display Setup…” 2.3 图谱的编辑与输出 2.4 序列的拼接 —— Contig Express 该组件让您能够直接从测序仪或其它文件格式（如GenBank和Fasta等）中导入序列，并将这些序列片段拼接成一个长片段。在拼接的过程中可以显示测序图谱，可以自动去除载体序列及测序模糊序列。同时能在拼接的完成序列碱基的改动。 点击Project菜单中的Add Fragments命令，点“From ABI file…”，按住Ctrl键将测序得到的.ab1文件选中。 建立拼接策略：点击Assemble菜单中的Assembly Setup命令，出现Assembly Setup对话框，在此我们使用程序的默认值，不作改动。 使用Ctrl键将. .ab1文件选中，并点击Assemble菜单中的Assemble Selected Fragment命令，程序自从完成拼接并出现一个Contig1的图标。 双击Contig1图标，出现另一个窗口展示拼接结果。 激活序列窗口后，点击View菜单中的Show All Chromatograms命令，就可以显示每个序列的测序图谱。 编辑图谱及序列：如果想改变图谱或序列上的某个碱基，就可以用框标点击该碱基，后输入新的碱基即可。同时，在图形窗口双击任一片段就可以打开一个新的窗口，在此窗口中可以对此序列进行直接的改变了。 拼接结果的导出：点击Edit菜单中的Select All命令选上拼接结果序列，在此点击Edit菜单，使用Copy命令将拼接结果复制出来。 3、空白处单击右键，选择“Show all chromatograms” 使用者修改串接的序列，需依不同的情况来采用不同的修改方式，不过所有的共同点都在于要先观察重迭部分的讯号后，再决定如何修正。 2.5 蛋白质结构观察 只要按住键盘Shift键跟鼠标左键就可以将结构翻转； 按住键盘Ctrl键跟鼠标左键拖曳就可以将结构移动； 按住键盘Shift键、Ctrl键跟鼠标左键拖曳图形就可以将结构缩放。 可以让观察的部分用颜色标出： 可以测量原子之间的距离（单位为Å）、夹角