数据库的查询.pptVIP

数据库查询是指对序列、结构及各种二次数据库中的注释信息进行关键词匹配查找，有时也称为数据库检索。 如对SWISS-PORT输入关键词insulin，即可查找该数据库所有胰岛素或与胰岛素油光的序列条目。 Entrez是基于Web界面的综合生物信息数据库检索系统。利用Entrez系统可以方便地检索核酸数据、蛋白质序列数据、基因组图谱数据、三维结构数据、种群序列数据集及文献数据。 获取批量序列(Batch Entrez) Entrez提供了批量获取GenBank序列的功能（Batch Entrez ） Entrez的特点 使用十分方便 把数据库和应用程序结合一起 对文献摘要的关键字查询时，考虑实际匹配和意义相近匹配 SRS（Sequence Retrieval System）是EMBL研制的一个基于WEB的查询系统。 SRS包括EMBL、EMBL-NEW、Swiss-Prot、PIR等一级数据库，还包括许多二级数据库，Prosite、ReBase、EPD、ECD、ENZYME等，与功能、疾病相关的数据库。 http://genius.embnet.dkfz-heidelberg.de/menu/srs/ SRS的特点 1. 统一的Web用户界面 只需安装Netscape等网络浏览器即可通过Internet查询世界各地SRS服务器上的300多个数据库。 2. 高效的查询功能 SRS系统采用了建立数据库索引文件的手段，能快速、高效地对各种数据库进行查询。 3. 灵活的指针链接 许多生物信息数据库包含与其它相关数据库的代码，SRS根据查询结果产生链接指针，既节省了存储空间，也便于数据库管理。 4. 方便的程序接口 将序列分析等常用程序整合到基本查询系统中，用户可以对查询结果直接进行进一步分析处理。 5. 开放的管理模式 用户可在本地机上安装自己的SRS系统，将自己的数据库添加到SRS系统中，并可与其它数据库实现超文本链接。也可自行编写应用程序，整合到SRS系统。 四、GenBank数据库检索及其应用——Entrez查询 GenBank和PubMed(序列数据)检索的比较： 1、GenBank的检索结果是序列及其注释信息， PubMed的检索结果是与序列数据相关的文献 信息。 2、GenBank数据更新早于PubMed，GenBank 数据库的检全率高于PubMed。 3、 GenBank可对序列数据进行限制检索，而 PubMed只能对文献、杂志、作者等进行限 制检索，因而GenBank数据库的检准率也高 于PubMed。 特殊标志符的格式（核酸序列） ： 2、GenBank/EMBL/DDBJ序列接受号： (1)1个字母+5个阿拉伯数字 e.g.：U12345 (2)2个字母+6个阿拉伯数字 e.g.：AY123456，Af123456 范围检索：中间用冒号连接 1、序列接受号范围检索： AF114696 : AF114714[ACCN] 2、序列长度范围检索： 3000 : 4000[SLEN] 3、分子重量范围检索： 2002 : 2009[MOLWT] 4、日期范围检索： 2005/01 : 2006/09/26[MDAT]or[PDAT] 限制检索 高级检索 特征栏辅助检索 限制检索（Limits） 限制检索范围 限制检索（Limits）： 限制检索范围 ras 排除某种类型的序列 限制分子类型 限制分子类型 限制基因位点 Retrieve服务器(Retrieve@) Query服务器 (query@) 简介 GenBank数据库是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）维护的一级核酸序列数据库。 GenBank数据库的数据来源有三种： 1、直接来源于测序工作者提交的序列； 2、与其它数据机构协作交换的数据； 3、美国专利局提供的专利数据。 检索界面 基本检索输入框 基本检索界面： 执行检索按钮 基本检索输入框 ras[GENE] 跨库检索界面： ras[GENE] 执行检索按钮 GenBank数据库界面： /genbank/ 核苷酸序列数据库检索界面： 特征栏提供 辅助检索功能 基本检索功能 （一）名称、作者姓名等检索 （二）特殊标志符检索 （五）范围检索 （三）序列长度检索 （四）分子重量检索 基本检索功能 （一）名称、作者姓名等检索 1、基因名称的检索限定词：[GENE