基因、基因组和基因组学-2013.pptVIP

主要内容 第一节 基因的结构和功能 第二节 病毒基因组的结构和功能 第三节 原核生物基因组的结构和功能 第四节 真核生物基因组的结构和功能 第五节 基因组学 人类线粒体（mitochondrion）基因组 基因组学的意义 改变生物学研究的模式 基因组学的意义 对疾病的诊断、治疗、预防、预测、保健等产生巨大的影响 环境基因组学（Enviromental Genomics） 专门鉴定机体暴露在特定环境下的那些显示易感或抵抗性基因的DNA多态性 对环境比较敏感的基因有：DNA修复基因、细胞周期相关基因、激素代谢基因、受体基因、参与免疫和感染反应的基因、信号转导基因、等等 药物基因组学（Phamarcogenomics） 不同个体的药物反应差异（主要指药效与毒性）与DNA多态性的关系 通过DNA序列差异的分析，从基因水平上深入认识疾病及药物作用的个体差异的机理，指导和优化临床用药，并有可能在此基础上发展个体化医疗 * 人类基因组计划 遗传图谱 物理图谱 序列图谱 转录图谱 （二）HGP的主要任务 * 遗传图谱（genetic map）：又称连锁图谱(linkage map)，它是以某个遗传位点上具有多个等位基因的遗传标记为“路标”，以遗传学距离为图距的基因组图，反映基因的遗传效应。 遗传学距离：在减数分裂中，两个位点之间进行交换、重组的百分率，1%的重组率称为1cM 遗传图谱的建立为基因识别和完成基因定位创造了条件； * 物理图谱（physical map）：利用限制性内切酶将大分子DNA切成片段，再根据重叠序列确定片段间连接顺序，以及遗传标志之间物理距离〔碱基对(bp) 或千碱基(kb)或兆碱基(Mb)〕为路标的图谱。物理图谱的完成是一个里程碑式的成功，它准确地得出了基因的相对位置。 * 序列图谱：是分子水平上最高层次，最为详尽的物理图谱，可得到全部的DNA序列。 实际上是一场串由4个字母（A、G、C、T）组成的碱基序列，是由30亿个字母写成的“天书”。 (人类基因组计划的核心内容） * * ΦX174是一种单链DNA病毒，宿主为大肠杆菌。 感染大肠杆菌后可合成11个蛋白质分子，总分子量约25万，相当于6078个核苷酸所容纳的信息量 而ΦX174病毒DNA本身却只有5375个核苷酸，最多只能编码总分子量为20万的蛋白质分子。 * * * SNP：单个核苷酸变异而形成的DNA分子多态性，在群体中的发生频率不小于1%。 人类基因组中共约有300万个SNP。 根据SNP在基因组中的位置可分为 编码区SNP（coding region SNP，cSNP） 基因周边区SNP（perigenic SNP，pSNP） 基因间SNP（intergenic SNP，iSNP） 编码区SNP 20%～30%引起蛋白质氨基酸顺序的改变，称为非同义SNP（non-synonymous nSNP） 70%～80%不引起蛋白质氨基酸顺序的改变，称为同义SNP（synonymous sSNP） * * * * 大肠杆菌染色体基因组的结构和功能 大肠杆菌基因组序列中的基因密度非常高，编码区所占的比例较大。大肠杆菌中总共有4288个基因，平均编码长度为 950bp，基因之间的间隔区长度为 118bp，而且这些结构基因没有内含子。 大肠杆菌DNA分子中的重复序列很少，但在大肠杆菌基因组中不同部位可以有称为 转座子 的50kb的重复片段。 * 转座因子 原核生物转座因子主要有二类： 插入序列 (insertion sequence，IS) 复合型转座子 ( composite transposon, Tn) * 只有当 IS 转座到某一基因中使该基因失活或插入位点旁边的染色体发生畸变等效应时才会被发现。 IS：2000bp以内，两端都有正向重复序列（direct repeats，DR）和反向重复序列（inverted repeats，IR），中间1kb左右的编码序列，仅编码和转座有关的转座酶。 * Tn ：2000～20000bp之间，两端由一对 IS 元件组成，带有与转座作用有关的基因以及其他基因。 * 根据转座的的机制和结果，可将转座分为： 复制型转座（replicative transposition） 保守型转座（conservative transposition） 复制型 保守型 * 大肠杆菌染色体外基因组的结构和功能 质粒（plasmid）：一类染色体外具有自主复制能力的环状双链DNA分子，属染色体外基因组。 大肠杆菌质粒是双链环状结构的 DNA 分子。 可以有共价闭合环状 DNA（covalently closed circular DNA，cccDNA）、缺口的环状 DNA、线性DNA 三种结构状态。 * 质粒对宿