分子对接的原理,方法及应用资料.pptVIP

分子对接及Autodock的使用;1.概念 2.原理 3.一般过程 4.分类 5.代表性软件 6.AUTODOCK软件 7.参考文献 ;分子对接是通过研究配体小分子和受体生物大分子的相互作用，预测其亲和力，实现基于结构的药物设计的一种重要方法。 整体上考虑配体与受体的结合效果，较好的避免局部作用、整体结合欠佳的情况。;4;2 分子对接的原理;理论基础： “锁和钥匙模型” ?“诱导契合模型” 重要原则： ?互补性： 决定识别过程的选择性 ?预组织性： 决定识别过程的结合能力;分子对接的最初思想起源于Fisher E提出的“锁和钥匙模型”，即受体与配体的相互识别首要条件是空间结构的匹配 。;1） 药物分子和靶酶分子是柔性的，这样就要求在对接过程中要相互适应以达到最佳匹配 2） 分子对接不仅要满足空间形状匹配，还要满足能量匹配，底物分子与靶酶分子能否结合以及结合的强度最终取决于形成此复合物进程的结合自由能。;建立大量化合物的三维结构数据库 将库中的分子逐一与靶分子进行“对接” 通过不断优化小分子化合物的位置以及分子内部柔性键的二面角，寻找小分子化合物与靶标大分子作用的最佳构象，计算其相互作用及结合能 在库中所有分子均完成了对接计算之后，即可从中找出与靶标分子结合的最佳分子 ;10;1、刚性对接：对接过程中，研究体系的构象不发生变化。适合考察比较大