实习4蛋白质结构与功能预测.pptVIP

;实习一;DNA sequence;蛋白质序列分析;蛋白质结构预测过程;ExPASy（Expert Protein Analysis System）Tools（expasy.org/tools/）;一、蛋白质理化性质分析 使用工具：Protparam 二、跨膜区分析 使用工具：TMpred 三、二级结构分析 使用工具：PredictProtein 四、结构域分析 使用工具：InterProScan 五、蛋白质三级结构分析 使用工具：SWISS-MODEL/SWISS-PdbViewer 数据： C:\ZCNI\shixi4\protein.txt ;一、蛋白质基本理化性质分析 ;工具;ProtParam工具;主要选项/参数;返回结果;消光系数;不稳定系数;练习一：ProtParam;(a)-Type I membrane protein (b)-Type II membrane protein (c)-Multipass transmembrane proteins (d)-Lipid chain-anchored membrane proteins (e)-GPI-anchored membrane proteins;典型的跨膜螺旋区主要是由20~30个疏水性氨基酸（Leu、Ile、Val、Met、Gly、Ala等）组成； 亲水残基往往出现在疏水残基之间，对功能有重要的作用； 基于亲/疏水量和蛋白质跨膜区每个氨基酸的统计学分布偏好性。;跨膜蛋白序列“边界”原则;常用蛋白质跨膜区域分析工具;TMpred;主要参数/选项;输出结果; 跨膜拓扑模型及图示;cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/;;练习二：TMpred;三、蛋白质二级结构预测 ;;工具;PredictProtein工具;PredictProtein提交界面;*;1D序列预测;服务器运行程序信息;ProSite模体搜索结果;PredictProtein分析结果;PredictProtein分析结果;四、结构域分析;基本类型 ： ;工具;工具;InterPro数据库;InterPro数据库;;Picture View界面;InterPro蛋白家族信息;InterPro蛋白家族信息;InterPro蛋白家族信息;练习四：InterProScan;五、蛋白质三维结构预测;蛋白质结构预测精度;同源建模法分析步骤： 多序列比对 与已有晶体结构的蛋白质序列比对 确定是否有可以使用的模板 序列相似度30% 序列相似度30%，结合功能，蛋白质一级序列、二级结构或结构域信息 构建三维模型 三维模型准确性检验 Whatcheck 程序 Ramachandran plot计算检验 手工调整多序列比对，重新拟合，构建新的模型;;常用数据库;模板搜索与比对;同源建模法;串线法;SWISS-MODEL/SWISS-PdbView;;主要参数/选项;输出结果;;模型评估;练习五：SWISS-MODEL;工具;*;PDB格式文件简介;SWISS-PdbViewer观察三维模型;SWISS-PdbViewer主要功能;;;*;Thanks！