02 兰州大学生物信息学数据库.pptVIP

章生物信息学数据库 Bioinformaticsdatabase ;Background 背景;在数据处理中，通常计算比较简单，而管理较复杂。 数据管理是指数据的收集、整理、组织、存储、维护、检索、传送等操作，这部分操作是数据处理业务必不可少的基本环节。 在数据库系统中，由一种叫做数据库管理系统（DBMS：Database Management Systems）的系统软件来对数据进行统一的控制和管理，从而有效地减少了数据冗余，实现了数据共享，解决了数据独立性问题，并提供统一的安全性、完整性和并发控制功能。;数据库技术; 数据库是在数据库管理系统的集中控制之下，按一定的组织方式存储起来的、相互关联的数据集合。在数据库中集中了一个部门或单位完整的数据资源，这些数据能够为多个用户同时共享，且具有冗余度小、独立性和安全性高等特点。;生物信息数据库;生物信息数据库分类;国际上著名的一级核酸数据库有Genbank数据库、EMBL核酸库和DDBJ库等；蛋白质序列数据库有SWISS-PROT、PIR等；蛋白质结构库有PDB等。 国际上二级生物学数据库非常多，它们因针对不同的研究内容和需要而各具特色，如人类基因组图谱库GDB、转录因子和结合位点库TRANSFAC、蛋白质结构家族分类库SCOP等等。 ;一级数据库的特点;二级数据库的特点;生物信息数据库也可以分为4个大类，即： 基因组数据库：来自基因组作图 核酸和蛋白质一级结构序列数据库：来自序列测定 生物大分子(主要是蛋白质)三维空间结构数据库：来自X-衍射和核磁共振结构测定 以上述3类数据库和文献资料为基础构建的二次（级）数据库。 ;国际著名的生物信息中心;欧洲分子生物学网络组织 (EMBnet)European Molecular Biology Network;EMBnet国家节点;亚太生物信息学网络组织中国节点;;国内生物信息中心举例;中华民族基因多样性数据库 转录因子细胞特异性数据库Cytomer 蛋白质结构域数据库Domain 蛋白质回环数据库Loop 水稻矮缩病毒数据库RDV 二硫键信息数据库Bridge;中华民族基因多态性数据库;水稻矮缩病毒基因组数据库;转录因子细胞特异表达数据库;蛋白质回环数据库;蛋白质二硫键数据库;拟南芥突变体库数据库—北大耶鲁合作项目;二、生物信息学数据库种类;Nucleic Acids Research 杂志;;相关数据库及其主要分类;核酸序列数据库;蛋白质序列数据库 ;Swiss-Prot蛋白疏水特性图;蛋白质结构数据库;基因组数据库图谱和显示器;人类疾病与基因数据库 ;生物信息分析工具 ;我国生物信息相关网站 ;三、 生物信息数据库检索;1.Entrez:NCBI综合数据库;Entrez 用途;Entrez生命科学搜索引擎;Entrez 跨库检索;检索字段限制;序列存取号;代码;碱基数; 2. BLAST序列相似性检索;3.NCBI structure;Structure检索步骤;第三步：显示结构概略页 观察次要结构 Secondary Structure按钮对观看3D 分子的结构是有用的前奏 第四步：观看完整蛋白质结构按钮 Full Protein Structures（须下载Cn3D软件） Viewing 3D Structures;检索MMDB;;;Structure 记录;Structure Summary;蛋白质链栏点击链接;死海高盐环境下，生物体蛋白的适应结果，外周结构中有许多亲水键，更容易结合钾离子，中间红色部分为铁离子，他们的结合位点清晰可见。;4.NCBI基因组数据库GENOME;;`