一个人工合成的转录抑制振荡网络.PDF

一个人工合成的转录抑制振荡网络 报告人：高秋玲 组员：陈文玲 课程：系统生物学 日期：2012-11-12 • pSC101质粒载体是低拷贝数的大肠杆菌质粒载 体，大小为9.09 kb，编码有一个四环素抗性基 因(tetr)。pSC101质粒具有可插人外源DNA的多 个限制性核酸内切酶的单克隆位点，还具有四环 素抗性的强选择记号，便于筛选。 • 腺相关病毒Adeno-associated virus(AAV)是一 个常见的人细小病毒，AAV基因组是一个线性、 单链(ssDNA)分子，4680个核苷酸，在每个末端 含有一个145个碱基末端重复序列(TR)。 在大肠杆菌中，导入了 一个由三个抑制基因构 成的元件。在这三个基 因中，A基因抑制B基因 表达，B基因将C基因关 闭，C基因则将A基因关 闭；此外，C基因可以 诱导一个绿色荧光蛋白 基因的表达。 这样一个装置是一个有 限回路的振荡器，通过 外界环境对其中某一个 基因的干扰，控制细胞 内绿色荧光蛋白的合成， 从而可以使大肠杆菌像 灯塔一样闪烁。 pi:各种抑制蛋白的浓度。 mi:各自mRNA的浓度。 i代表lac1,tetR或者cl。 β表示蛋白质和mRNA寿命的比值（反退率）。 α表示每个细胞产生的抑制蛋白量。 α0表示无抑制关系时基因的转录率。 n代表希尔因数。 曲线A, B and C代表不同参 量下两个区域的界线。 A ：n= 2.1, α0= 0； B：n =2, α0= 0； C：n =2, α0/α=10-3 。 A 的不稳定区域包括了B和C 的相应区域，即阴影部分。 ( 三个抑制蛋白的振荡曲线。左边，典型的参量下，连续模型。 右边，相似的参量（启动子强度，5*10-4(受抑制）到0.5 （全 诱导）每秒钟翻译值。翻译效率是20，希尔系数，n=2；蛋 白质的半衰期为10分钟；mRNA半衰期为2分钟；km每个细 胞40摩尔），随机模型。 大肠杆菌MC4100单个 细胞的生长和GFP表达 曲线。 可以预测周期的大小， 是160+-40分钟。 a-c：同代细胞的振荡行为。 a, 相位推迟，b, 分离后振幅改变，c, 周期减小(绿色)，震荡推迟（蓝色）。 d, 其他同等条件下获得的震荡细胞数据。周期、振幅有很大不同。 e, f, 阴性对照实验数据。 e, 细胞生活在50mM IPTG的介质里。f, 细胞只含报告质粒。 结论 本论文从理论上讨论了细胞内相位抑制的人工基因网 络中，蛋白质在基因调控下所表现出的丰富动力学特性， 对人工基因调控的研究具有指导意义。而进一步调整参量， 以及加入扰动可以使我们的网络更加贴近真实的基因网络。 这些问题对稳态结果的影响有待更进一步的讨论。对这些 问题的研究不仅有益于生物领域，也对非线性理论具有启 发意义。 谢谢！