高通量测序简介.pptVIP

Ion Torrent PGM Ion Torrent仪器展示 Chip类型 PGM314 PGM316 PGM318 传感器数 1.3M 6.3M 11M 数 据 量 ~100MB ~1GB ~2GB 运行时间 2.3/4.7h 3.0/4.9h 4.4/7.3h 读 长 200/400bp 200/400bp 200/400bp 应用范围 扩增子测序、靶向重测序、小基因组测序 特 点 基于半导体技术测序原理，快速“读”出碱DNA序列 三、高通量测序部分应用 全基因组测序 全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序，通过序列比对，可以找到大量的单核苷酸多态性位点（SNP），插入缺失位点（InDel）、结构变异位点（SV）位点和拷贝数变异位点（CNV)。 全基因组de novo测序是指对未知基因组序列的物种进行从头测序，用生物信息学分析方法进行拼接、组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。 基因组测序策略 外显子组测序 外显子组 一个物种基因组中全部外显子区域的总和； 人外显子组只占基因组的~1%，约30 Mb； 约85%的人类致病突变都位于这1%的蛋白质编码序列上。 文库构建 Nimblegen、 Agilent Illumina mRNA测序(mRNA seq)是指利用高通量测序技术对cDNA进行测序从而得到一个样品中基因表达、cSNP、全新的转录、全新异构体、剪接位点、等位基因特异性表达和罕见转录等最全面的转录组信息。 mRNA测序 文库构建 扩增 文库 通过带oligoT的磁珠分离出mRNA LncRNA是一类长度超过200nt的长链非编码RNA，通过与DNA、RNA或蛋白质结合，在表观遗传、转录及转录后等水平调控基因表达。 lncRNA测序是研究已有参考基因组物种的特定组织或细胞在某个特定时期转录出的所有lncRNA和mRNA。 LncRNA（long noncoding RNA)测序 文库构建 Small RNA 是长度约20-30nt的非编码RNA分子，主要包括miRNA、siRNA、piRNA等，是生命活动重要的调控因子，在基因表达调控、生物个体发育、代谢及疾病的发生等生理过程中起着重要的作用。 Small RNA测序 文库构建 Circ RNA是mRNA在剪接的过程中，上游exon的5’端与下游exon的3’端剪接到一起，从而形成的首尾相接的环状RNA分子。 近年的研究表明，circRNA分子富含miRNA结合位点，在细胞中起到miRNA海绵的作用，进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用，升高靶基因的表达水平；这一作用机制被称为竞争性内源RNA（ceRNA）机制。 通过与疾病关联的miRNA相互作用， circRNA在疾病中发挥着重要的调控作用。 Circular RNA测序 文库构建 存在问题 测序速度及通量提高了，但是后续海量的数据分析却成为一大难题； 不适合小规模测序； 新一代测序仪价格昂贵。 谢谢！ 问题？ * * 领英公司的大规模平行签名测序(Massively Parallel Signature Sequencing, MPSS), 下一代测序技术发展的先驱。MPSS 是一种基于磁珠(bead)和接头(adaptor)连接和解码的复杂技术，测定结果短，多用于转录组测序，测定基因表达量。 哈佛George Church实验室发展起来的，基于乳化PCR(emulsion PCR)和自动显微镜等技术的测序方法。相关技术已整合进ABI公司的SOLiD测序技术平台。 * * * * * * * * 高通量测序技术 2017年3月21号 主要内容 一、高通量测序简介 二、 Solexa和Semiconductor测序原理 三、高通量测序部分应用 高通量测序（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序（“Next-generation”sequencing），可一次性对几百万到十亿条DNA分子进行并行测序； 可以对一个物种的基因组和转录组进行深入、细致和全貌的分析，所以又被称为深度测序（Deep sequencing）。 一、高通量测序简介 高通量测序的发展 1992年Lynx Therapeutics MPSS 2003年Polony Sequencing(哈佛） 2005年454 Pyrosequencing 2006年Solexa Sequencing-By-Synthesis 2007年ABI SOLID 2008