RNA分子折叠的统计力学.docVIP

RNA 分子折叠的统计力学 3陈世杰 ?谭志杰曹 松张文炳密苏里 65211 美国 )( RNA 分子折叠的统计力学 3 陈世杰 ? 谭志杰 曹 松 张文炳 密苏里 65211 美国 ) (密苏里大学物理与天文系和生物化学系 哥伦比亚 RNA 分子折叠对决定分子 (基因 )水平上的生命活动是至关重要的 . 文章对 RNA 分子折叠 (特别是二 摘 要 级结构的折叠 )的热力学和动力学性质作一简单回顾与介绍 . 因为静电相互作用在 RNA 折叠过程中的特殊重要作 用 , 文章作者对 RNA (与 DNA )折叠的电相互作用单独作较为详细的讨论 . 关键词 RNA 折叠 , 热力学 , 动力学 , 静电相互作用 The sta tistica l m echan ics of RNA fold ing CHEN Sh i2J ie ? TAN Zh i2J ie ZHAN G W en2B ing CAO Song (D epa rtm en t of Physics and A stronom y and D epa rtm en t of B iochem istry, U n iversity of M issou ri - Colum bia, M O 65211, USA ) RNA fo ld ing is c ritica l fo r b io logical activities a t the mo lecu la r ( gene tic) level. A b rief review of A b stra c t the thermodynam ic and k inetic p rop e rtie s of RNA fo ld ing is p resen ted, w ith sp ec ia l m en tion of the secondary struc tu re fo ld ing. W e also d iscu ss the elec tro static in te raction s in RNA (DNA ) fo ld ing due to their p a rticu lar impo rtance. Keyword s RNA fo ld ing, thermodynam ics, k inetics, elec tro static in te raction s 来完成的 [ 1 ] ,所以仅仅对 RNA 的天然结构的预测本 身不足以给出我们想知道的 RNA 生物功能的微观 1 引言 机制. 我们还需要知道 RNA 结构的热力学稳定性 、 RNA 是核糖核酸分子的简写 . RNA 和 DNA、蛋 白质一起构成了最基本的三大类生物分子. RNA 分 子执行着从遗传信息的传递 、储存到对蛋白质合成 和其他 生 化 过 程 的 基 因 调 控 和 催 化 的 生 物 功 能 . RNA 分子的生物功能是直接与其结构和结构的变 化相关的 ,所以对 RNA 分子结构及其折叠过程的热 力学与动力学的定量预测与分析对其功能的研究是 至关重要的 . 当一个 RNA 分子在细胞中合成后 ,它最终将从 一个相对展开的形态折叠成一个能执行其特定生物 功能的非常紧凑的三维结构 (天然结构 ) . 从物理上 说 ,这个结构正是对给定碱基序列下自由能最低的 分子构型 . RNA 分子的结构与其折叠的物理化学性 质是由其碱基序列决定的 . 从碱基序列预测其自由 能最低的结构即通常意义上的所谓的 RNA 折叠问 题. 然而 , RNA 分子的功能往往是通过结构的变化 结构涨落 、各种可能结构出现的几率 ,以及 RNA 结 构变化与折叠过程的动力学性质 ,例如 :在结构变化 过程中是否出现中间态 ,中间态的稳定性 ,结构变化 的速度 、决定速度的瓶颈过程 (过渡态 ) , 以及结 构变化所历经的路径等 . 因为 RNA 分子的可能构型 及其溶液环境构成了一个很大的统计系综 ,所以上 述 RNA 热力学与动力学性质将由系统的统计力学 性质决定 . 对 RNA 分子的结构及其热力学和动力学性质 的定量预测与分析具有重要的实际意义. 首先 ,通过 对 RNA 折叠和结构变化的物理规律的了解 , 我们 有可能用计算机沿着折叠的物理路径 (而不是通过 3 美国 N a tiona l In stitu tes of H ealth ( N IH /N IGM S) 资助 ( Gran t No. R01 - GM063732 to S - J C) . 2005 - 07 - 11 收