单细胞基因测序市场分析.ppt

1 QIAGEN Your Partner in Translational Medicine 单细胞基因测序市场分析 什么叫单细胞基因测序（Single Cell Sequencing）？ 一句话说，就是单个细胞水平上对基因组进行测序。 2013年，Nature杂志把年度技术授予了单细胞基因测序（Single Cell Sequencing）,认为该技术将改变生物界和医学界的许多领域。 单细胞基因组、转录组分析 单细胞测序通过对单个细胞进行基因组扩增和测序 解决了用组织样本无法获得不同单个细胞的异质性信息、样本量太少无法进行常规测序的难题 研究解析单个细胞的行为、机制、与机体的关系等提供了新方向 为早期检测、诊断疾病及疾病的个体化治疗提供指导。 基因组及转录组分析中常遇到的难题： 全基因组和全转录组分析的难题： Title, Location, Date 6 单细胞测序应用领域 单细胞全基因组测序： 1、体外受精的胚胎测序：在把胚胎植回母体之前，先取一个细胞进行测序，确认基因正常后再植回，以保障胚胎是正常的。 2、CTC细胞测序：通过对血液中的肿瘤细胞测序，找到突变位点，针对性能进行靶向药物治疗。 3、肿瘤亚细胞群测序：肿瘤发生、发展中，细胞不断发生新的突变，形成许多亚细胞群，单细胞测序可以对这些亚细胞群进行分别的测序，并找到对应的治疗方案。 4、免疫测序：免疫细胞在对抗原发生识别后，免疫细胞的基因组发生重排，并产生对抗原特异的抗体。对免疫细胞的测序，可以找出特异的基因结构。 Title, Location, Date 7 单细胞测序应用领域 单细胞转录组测序： 1、在全基因组范围内挖掘基因调节网络，尤其适用于存在高度异质性的肿瘤细胞、干细胞及胚胎发育早期的细胞群体。 2、发现亚细胞成分的基因表达谱，例如对在神经元的轴突或树突部分特异表达的基因的转录组分析。 一、单细胞测序行业 BCC Research的一项分析报告指出，2014年全球单细胞分析（Single-cell Analysis）的市场达5.4亿美金，预测将从2015年的6.3亿美金增长到2020年的16亿美金，复合增长率达21%。根据GENReports的报告，关于单细胞分析的文章发表在过去的几年也有着爆发性的增长。 图2：单细胞分析的文章发表数量 9 二、单细胞基因测序的基本流程：单细胞分离--基因组扩增--测序和分析 单细胞测序，主要经过如下的步骤： 单细胞的分离 DNA/RNA的提取和扩增（全基因组扩增和全转录组扩增） 测序以及后续的分析和应用 2.1 单细胞的捕捉和分离 单细胞测序的第一步是单细胞的分离和提取，目前的方法主要有： 流式细胞术 激光捕获显微切割技术 微流控技术 Daniel A. Haber, et al CANCER DISCOVERY JUNE 2014 Title, Location, Date 11 单细胞操作的仪器  Fluidigm C1单细胞操作 毛细管显微操作单细胞 10X Genomics Illumina与Bio-Rad发布Singel-Cell Sequencing Solution QIAscout 武汉友芝友-CTC捕获仪 强生-Cell Reserch Title, Location, Date 12 C1 单细胞自动制备系统 1个小时内即可分离96个单细胞 Biomarker HD系统 30分钟内可进行9216个qPCR反应 PBMC单细胞转录组测序结果示例 10X Genomics Title, Location, Date 13 Illumina® Bio-Rad® Single-Cell Sequencing Solution QIAscout 武汉友芝友-CTC捕获仪 CellSearch 2.2 全基因组扩增 （Whole Genome Amplification. WGA）/ 全转录组扩增 （Whole Transcriptome Amplification，WTA） 单细胞测序的难点在于扩增。 全基因组扩增主要的方法： 简并寡核苷酸引物PCR扩增（DOP-PCR） 多重置换扩增（MDA）——目前最好的方法 和基于多次退火和成环的扩增循环（MALBAC）——亿康基因 常见WGA方法比较 转录组扩增主要的方法： Clontech公司的Smart方法,一种优秀的单细胞全长RNA-seq：起始RNA只有约10pg EpiCentre公司的TargerAmp方法 TargetAmp法测单细胞全RNA SMART法测单细胞的全长全RNA Title, Location, Date 18 单细胞测序国内相关公司（科研）