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常用生物软件及使用概述;一、管理实验室数据及文献资料;二、分析和处理实验数据和公共数据;1、限制酶分析 ;2、引物设计;3、同源序列比较;4、质粒作图;5、结构域(motif)查找;6、RNA二级结构预测? ;7、 蛋白分析 软件;8、 格式转换; 9、 电泳图谱分析;10、序列综合分析软件;三、应用实例
-----------PCR引物设计及相关软件使用;1、引物设计原则;概述 ;引物长度 ;同一碱基连续出现不应超过5个
GC含量一般40-60%，以45-55％为宜
GC含量太低导致引物Tm值较低，使用较低的退火温度不利于提高PCR的特异性
GC含量太高也易于引发非特异扩增。;引物Tm值;引物二级结构;引物3’端;引物5’端; 引物的内部稳定性;自由能分布;引发效率（引物唯一性）;2、具体引物设计过程;参数设置;参数设置;序列获取及同源性比较;载入序列;粘贴序列窗口
这一窗口使得一段核酸序列通过选择以四种不同的方式粘贴上去???CTRL-V）
;基本信息;引物设计界面;引物搜索选项设定;引物手动搜索选项设定;搜索结果;引物信息;引物编辑;引物编辑;(2) Oligo 6.44使用介绍;3个弹出窗口;?G Internal Stability;Frq为邻近6至7 个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。该频率高则可增加错误引发的可能性。;;选中引物;引物分析;Final PCR information;Search for primer using Oligo 6.44;thank you!;docin/sanshengshiyuan
doc88/sanshenglu
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